Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 832834

Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze


Živković, Igor
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze, 2016., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


CROSBI ID: 832834 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
(The mechanism of leucine discrimination in the editing site of leucyl-tRNA synthetase)

Autori
Živković, Igor

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
12.07

Godina
2016

Stranica
67

Mentor
Gruić-Sovulj, Ita ; Bertoša, Branimir

Neposredni voditelj
Dulić, Morana

Ključne riječi
leucil-tRNA-sintetaza ; Escherichia coli ; mehanizam popravka pogreške ; mehanizam diskriminacije supstrata ; simulacije molekularne dinamike ; kinetika aminoaciliranja
(leucyl-tRNA synthetase ; Escherichia coli ; proofreading mechanism ; supstrate discirimination mechanism ; molecular dynamics simulation ; aminoacylation kinetics)

Sažetak
Enzimi leucil-tRNA-sintetaze (LeuRS) kovalentno vežu leucin na tRNALeu. Osim leucina, LeuRS na tRNALeu mogu prenositi i nepripadne aminokiseline, pri čemu je najveća prijetnja točnosti te reakcije neproteinogeni norvalin. Iz tog razloga LeuRS posjeduje mehanizme za popravak pogreške. Većina popravka odvija se nakon prijenosa aminokiseline na tRNA u zasebnoj domeni za popravak pogreške. Kako bismo odgovorili na pitanje diskriminira li domena za popravak Leu-tRNALeu na temelju vezanja, kao što je dosad smatrano, ili kinetike, provedene su simulacije molekularne dinamike (MD) divljeg tipa i mutanta T252A, za koji je poznato da hidrolizira Leu-tRNALeu, s analozima supstrata leucil- i norvalil-2'- adenozinom u domeni za popravak pogreške. Naši rezultati sugeriraju da vezanje leucina u konformaciji opisanoj torzijskim kutem N-Cα-Cβ- Cγ od oko ±180° uzrokuje kaskadu događaja koja dovodi do udaljavanja katalitičke vode od veze koja se hidrolizira i do smanjenog vremenskog udjela koji ona provodi u aktivnom mjestu tijekom simulacije. Ovo se ne odvija kod simulacija T252A mutanta, kao ni kod simulacija T252S i T252V mutanata. Kinetički rezultati sugeriraju da mutanti T252S i T252V akumuliraju Leu-tRNALeu kao i divlji tip enzima, što je donekle u neslaganju s rezultatima dobivenim MD simulacijama.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija



POVEZANOST RADA


Projekti:
HRZZ-UKF 8/15 - The origin of amino acid specificity in editing class I aminoacyl-tRNA synthetases and cellular requirements for proofreading (Gruić-Sovulj, Ita, HRZZ ) ( CroRIS)
--09.01/293 - Nekanonske uloge aminoacil-tRNA-sintetaza (Gruić-Sovulj, Ita; Weygand Đurašević, Ivana) ( CroRIS)

Ustanove:
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Profili:

Avatar Url Morana Dulić (mentor)

Avatar Url Igor Živković (autor)

Avatar Url Branimir Bertoša (mentor)

Avatar Url Ita Gruić-Sovulj (mentor)

Poveznice na cjeloviti tekst rada:

repozitorij.pmf.unizg.hr

Citiraj ovu publikaciju:

Živković, Igor
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze, 2016., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Živković, I. (2016) 'Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze', diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {\v{Z}ivkovi\'{c}, Igor}, year = {2016}, pages = {67}, keywords = {leucil-tRNA-sintetaza, Escherichia coli, mehanizam popravka pogre\v{s}ke, mehanizam diskriminacije supstrata, simulacije molekularne dinamike, kinetika aminoaciliranja}, title = {Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogre\v{s}ke leucil-tRNA-sintetaze}, keyword = {leucil-tRNA-sintetaza, Escherichia coli, mehanizam popravka pogre\v{s}ke, mehanizam diskriminacije supstrata, simulacije molekularne dinamike, kinetika aminoaciliranja}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {\v{Z}ivkovi\'{c}, Igor}, year = {2016}, pages = {67}, keywords = {leucyl-tRNA synthetase, Escherichia coli, proofreading mechanism, supstrate discirimination mechanism, molecular dynamics simulation, aminoacylation kinetics}, title = {The mechanism of leucine discrimination in the editing site of leucyl-tRNA synthetase}, keyword = {leucyl-tRNA synthetase, Escherichia coli, proofreading mechanism, supstrate discirimination mechanism, molecular dynamics simulation, aminoacylation kinetics}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font