Pregled bibliografske jedinice broj: 832834
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze, 2016., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 832834 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Mehanizam diskriminacije leucina u mjestu za
popravak pogreške leucil-tRNA-sintetaze
(The mechanism of leucine discrimination in the
editing site of leucyl-tRNA synthetase)
Autori
Živković, Igor
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski
Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
12.07
Godina
2016
Stranica
67
Mentor
Gruić-Sovulj, Ita ; Bertoša, Branimir
Neposredni voditelj
Dulić, Morana
Ključne riječi
leucil-tRNA-sintetaza ; Escherichia coli ; mehanizam popravka pogreške ; mehanizam diskriminacije supstrata ; simulacije molekularne dinamike ; kinetika aminoaciliranja
(leucyl-tRNA synthetase ; Escherichia coli ; proofreading mechanism ; supstrate discirimination mechanism ; molecular dynamics simulation ; aminoacylation kinetics)
Sažetak
Enzimi leucil-tRNA-sintetaze (LeuRS) kovalentno vežu leucin na tRNALeu. Osim leucina, LeuRS na tRNALeu mogu prenositi i nepripadne aminokiseline, pri čemu je najveća prijetnja točnosti te reakcije neproteinogeni norvalin. Iz tog razloga LeuRS posjeduje mehanizme za popravak pogreške. Većina popravka odvija se nakon prijenosa aminokiseline na tRNA u zasebnoj domeni za popravak pogreške. Kako bismo odgovorili na pitanje diskriminira li domena za popravak Leu-tRNALeu na temelju vezanja, kao što je dosad smatrano, ili kinetike, provedene su simulacije molekularne dinamike (MD) divljeg tipa i mutanta T252A, za koji je poznato da hidrolizira Leu-tRNALeu, s analozima supstrata leucil- i norvalil-2'- adenozinom u domeni za popravak pogreške. Naši rezultati sugeriraju da vezanje leucina u konformaciji opisanoj torzijskim kutem N-Cα-Cβ- Cγ od oko ±180° uzrokuje kaskadu događaja koja dovodi do udaljavanja katalitičke vode od veze koja se hidrolizira i do smanjenog vremenskog udjela koji ona provodi u aktivnom mjestu tijekom simulacije. Ovo se ne odvija kod simulacija T252A mutanta, kao ni kod simulacija T252S i T252V mutanata. Kinetički rezultati sugeriraju da mutanti T252S i T252V akumuliraju Leu-tRNALeu kao i divlji tip enzima, što je donekle u neslaganju s rezultatima dobivenim MD simulacijama.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Kemija, Biologija
POVEZANOST RADA
Projekti:
HRZZ-UKF 8/15 - The origin of amino acid specificity in editing class I aminoacyl-tRNA synthetases and cellular requirements for proofreading (Gruić-Sovulj, Ita, HRZZ ) ( CroRIS)
--09.01/293 - Nekanonske uloge aminoacil-tRNA-sintetaza (Gruić-Sovulj, Ita; Weygand Đurašević, Ivana) ( CroRIS)
Ustanove:
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Profili:
Morana Dulić
(mentor)
Igor Živković
(autor)
Branimir Bertoša
(mentor)
Ita Gruić-Sovulj
(mentor)