Naslov
Poravnanje RNA očitanja na poznate gene
(RNA-seq Alignment Using Existing Gene Annotations)

Autori
Krpelnik, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
05.07

Godina
2016

Stranica
29

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Križanović, Krešimir

Ključne riječi
RNA; poravnanje; GraphMap; gen; genom; transkriptom; nanopore
(RNA; alignment; GraphMap; gene; genome; transcriptome; nanopore)

Sažetak
RNA sekvenciranje je metoda za analizu transkriptoma. Analizom transkriptoma u nekom trenutku dobivamo uvid u stanje organizma i mogucnost identificiranja regija genoma koje su odgovorne za razlicite funkcije. U ovom radu je prikazano proširenje alata GraphMap u svrhu poravnanja RNA ocitanja na poznate gene. Osim toga, opisani su osnovni mehanizmi u sekvenciranju nanoporama, te neke druge tehnologije korištene za sekvenciranje i poravnanje. Dan je i pregled formata datoteka koje su korištene za spremanje anotacija eksonski regija, spremanje genoma i transkriptoma i spremanje podataka o poravnanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA