Naslov
Poravnanje dugačkih RNA očitanja
(Long RNA-Seq Alignment)

Autori
Jurić, Antonio

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
05.07

Godina
2016

Stranica
39

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Križanović, Krešimir

Ključne riječi
poravnanje RNA očitanja; logaritamska struktura; problem ruksaka; GraphMap
(RNA-seq alignement; knapsack; logarithmic structure; GraphMap)

Sažetak
Poravnanje dugačkih RNA očitanja jest problem pronalska s kojeg dijela reference je nastalo dobiveno RNA očitanje. Problem se razlikuje od poravnanja DNA nizova u kojem želimo sastaviti cjelokupni genom zbog posebnih stvojstava RNA koja bitno kompliciraju cijeli proces. U ovom radu opisana je problematika poravnanja nizova RNA. Alat za poravnanje nizova GraphMap problem poravnanja nizova RNA rješava u pet faza: posljednju fazu obrađuje ovaj rad. U toj fazi pokušavamo pronaći najbolje grupe (manje dijelove očitanja) za poravnanje pojedinog očitanja. Algoritam koji je razvijen za problem odabira najboljih grupa sadrži dva algoritma koji se pokreću ovisno u ukupnom broju grupa: knapsack složenosti O(N^2) te 2D logaritamsku strukturu složenosti O(N*log^2(N)) gdje je N broj grupa.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA