Naslov
BIOINFORMATIČKA ANALIZA ALKAN 1-MONOOKSIGENAZA OTKRIVENIH U METAGENOMU SEDIMENTA SJEVERNOG JADRANA
(BIOINFORMATICS ANALYSIS OF ALKANE 1-MONOOXYGENASES DISCOVERED IN METAGENOMIC SAMPLES OF SEDIMENT FROM THE ADRIATIC SEA)

Autori
Kolesarić, Domagoj

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
21.09

Godina
2015

Stranica
42

Mentor
Žučko, Jurica

Neposredni voditelj
Diminić, Janko

Ključne riječi
alkB; alkani; karakterizacija; filogenija
(alkB; alkanes; characterization; phylogeny)

Sažetak
Istraživanje je provedeno s ciljem funkcionalne karakterizacije dviju vjerojatnih AlkB monooksigenaza otkrivenih u metagenomskom uzorku morskog sedimenta prikupljenog iz pristaništa za tankere u Puli gdje postoji selektivni pritisak alkana iz nafte na mikroorganizme tog staništa. Filogenetska analiza vjerojatnih AlkB monooksigenaza je provedena u programu MEGA 6 kojom se utvrdio evolucijski međuodnos potencijalnih AlkB monooksigenaza iz metagenomskog uzorka i već opisanih AlkB enzima dostupnih u bazama podataka. Funkcionalna karakterizacija je provedena pomoću resursa: CDD, InterPro i UniProt. Funkcionalnom analizom je potvrđeno pripadanje enzima alkan 1-monooksigenazama i određena su aktivna mjesta. Strukturno modeliranje je izvršeno pomoću SWISS-MODEL i I-TASSER web servisa za 3D modeliranje. Neuspješno 3D modeliranje pripisuje se nedostatku homolognih proteina kojima je eksperimentalno određena struktura.

Izvorni jezik
Engleski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA