Naslov
Računalne simulacije kompleksa derivata ibuprofena i naproksena s acil-CoA tioesterazom I (TesA) iz bakterije Pseudomonas aeruginosa
(Computational investigation of acyl-coa thioesterase I (TesA) from the bacteria Pseudomonas aeruginosa in complexes with ibuprofen and naproxen derivatives)

Autori
Ilić, Krunoslav

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
28.05

Godina
2015

Stranica
35

Mentor
Bertoša, Branimir

Ključne riječi
GDSL hidrolaze ; enantioselektivnost ; molekulska dinamika ; Monte Carlo konformacijska pretraga
(GDSL hydrolases ; enantioselectivity ; molecular dynamics ; Monte Carlo conformational search)

Sažetak
GDSL hidrolaze su relativno slabo istražena porodica enzima. Karakterizira ih GDSL strukturni motiv koji se nalazi oko serina katalitičke trijade. Odlikuje se izraženim supstratnim promiskuitetom što ih čini zanimljivim područjem istraživanja, kako zbog fundamentalnog značaja, tako i zbog potencijalne primjene u farmaceutskoj i biotehnološkoj industriji. Jedan od enzima iz te porodice je Acil-CoA tioesteraza I (TesA) iz patogene bakterije Pseudomonas aeruginosa koji je istraživan u ovome radu. Računalnim metodama prilagođenim istraživanju biokemijskih sustava, prvenstveno Monte Carlo konformacijskom pretragom i simulacijama molekulske dinamike, istražena je mogućnost produktivnog vezanja derivata ibuprofena i naproksena u aktivno mjesto enzima TesA. Pronađene su ključne interakcije za vezanje navedenih supstrata u aktivno mjesto enzima te interakcije koje se razlikuju između enatiomera istog lijeka. Računalno je istražen utjecaj mutacije L78F na enatioselektivnost enzima prema istraženim derivatima ibuprofena i naproksena. Produktivno vezanje utvrđeno je za derivat R-ibuprofena sa divljim tipom i mutantom enzima TesA te za derivat R-naproksena sa mutiranim enzimom. Također, pronađen je hidrofobni džep u blizini aktivnog mjesta enzima važan za vezanje supstrata i opisane su nevezne interakcije enzima i kovalentnog intermedijera supstrata potrebne za katalitičku reakciju te utjecaj mutacije L78F na navedene interakcije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija, Biologija

POVEZANOST RADA