Naslov
Konformacijska dinamika adenilacijske domene tirocidin-sintetaze 1 praćena metodom fluorescencijske spektroskopije
(Conformational dynamic of the adenylation domain in tyrocidine synthetase 1 followed by fluorescence spectroscopy)

Autori
Šprung, Matilda

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
11.12

Godina
2014

Stranica
108 + IX stranica

Mentor
Pavela-Vrančić, Maja

Ključne riječi
adenilacijska domena/ neribosomske peptid-sintetaze/ konformacijska dinamika/ tirocidin-sintetaza 1
(adenylation domain/ nonribosomal peptide synthetases/ conformational dynamics/ tyrocidine synthetase 1)

Sažetak
Neribosomske peptid-sintetaze (NRPS) su veliki multienzimski kompleksi koji nizom transpeptidacijskih reakcija kataliziraju sintezu biološki aktivnih peptidnih produkata.Proces biosinteze započinje na adenilacijskoj (A) domeni koja u prvom koraku katalizira nastanak aminoacil- adenilata, a u drugom prijenos aminokiseline na susjednu tiolacijsku (T) domenu. Kristalne strukture A-domena ukazuju na velike strukturne preinake tijekom katalitičkog ciklusa, a dovode se u vezu s usklađivanjem katalitičkih koraka i interakcijom sa susjednom T-domenom. U ovom radu, konformacijske promijene A-domene tirocidin- sintetaze 1 (TycA-A) ispitane su u otopini metodom fluorescencijske spektroskopije. TycA-A sadrži pet triptofana u primarnoj sekvenci: W227, W301, W323, W376 i W406. Procjena dostupnosti njihovih bočnih ogranaka izrađena je na temelju homolognih modela TycA-A u dvije konformacije. Gašenje fluorescencije akrilamidom provedeno na divljem tipu i mutantama TycA-A s pojedinačno zamjenjenim triptofanima, ukazuje na dvije skupine fluorofora različite dostupnosti okolnom otapalu. Prisustvo supstrata ima utjecaja jedino na W227 koji može poslužiti kao intrinzična fluorescencijska proba. Uloga nepripadajućih aminokiselina na konformaciju TycA-A, ispitana je na mutanti sa samo jednim fluorescirajućim triptofanom te ukazuje na suboptimalnu konformaciju i slabiju zaštitu reaktivnog međuprodukta od hidrolize. Promjena konformacije kao odraz vezanja supstrata također je ispitana pokusima ograničene triptičke digestije i diferencijalne fluorimetrije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA