Naslov
Molekularna karakterizacija izolata bakterije 'Candidatus Phytoplasma solani' iz madagaskarskog zimzelena (Catharanthus roseus (L.) G. Don) s područja grada Zagreba
(Molecular characterization of 'Candidatus Phytoplasma solani' isolates from periwinkle (Catharanthus roseus (L.) G. Don) of the Zagreb area)

Autori
Zovkić, Tanja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
20.10

Godina
2014

Stranica
52

Mentor
Šeruga Musić, Martina

Ključne riječi
16S rDNA; fitoplazma; tufB; vmp1; secY i stamp; PCR; RFLP; filogenetska analiza; genska varijabilnost
(16S rDNA; phytoplasma; secY; tufB; vmp1; stamp; PCR; RFLP; phylogenetic analysis; genetic variability)

Sažetak
Fitoplazme (rod 'Candidatus Phytoplasma’) su bakterije bez stanične stijenke iz razreda Mollicutes koje imaju domaćine u dva carstva jer ih nalazimo u floemu biljaka kao i stanicama kukaca. Nije ih moguće uzgojiti u čistoj kulturi in vitro jer se radi o unutarstaničnim organizmima kod kojih je došlo do redukcije genoma i gubitka mnogih metabolički važnih gena. Uzročnici su ekonomski značajnih bolesti biljaka u čitavom svijetu. Fitoplazmatska vrsta 'Ca. Phytoplasma solani' jedna je od fitoplazmi s najširim krugom prirodnih domaćinskih vrsta, a karakteristična je za europski kontinent. Cilj ovog diplomskog rada bio je karakterizirati izolate bakterije 'Ca. Phytoplasma solani' iz madagaskarskog zimzelena (Catharanthus roseus (L.) G. Don) prikupljenih na području užeg centra grada Zagreba. U multigensku tipizaciju izolata bili su uključeni sljedeći fitoplazmatski geni: 16S rRNA, secY, tufB, vmp1 i stamp. Fragmenti gena za 16S rRNA, tufB i vmp1 umnoženi su lančanom reakcijom polimerazom korištenjem specifičnih početnica te nakon toga analizirani metodom RFLP (polimorfizam duljine restrikcijskih fragmenata). Specifično umnoženi fragmenti gena secY i stamp sekvencirani su te analizirani bioinformatičkim metodama. Filogenetske analize dobivenih nukleotidnih sljedova gena secY i stamp kao i rezultati analize RFLP ostalih gena, potvrdile su pripadnost izolata fitoplazmatskoj vrsti 'Ca. Phytoplasma solani' te njihovu varijabilnost unutar vrste. Analize gena secY i tufB pokazale su očuvanost ovih gena dok je kod gena stamp i vmp1, specifičnih za vrstu, uočena veća raznolikost genotipova.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA