Naslov
Molekularna karakterizacija Coleus blumei viroida iz ukrasne koprive (Solenostemon scutellarioides (L.) Codd)
(Molecular characterization of Coleus blumei viroids from coleus (Solenostemon scutellarioides (L.) Codd))

Autori
Jezernik, Karlo

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
24.10

Godina
2014

Stranica
59

Mentor
Škorić, Dijana

Ključne riječi
Coleviroid; CbVd-1; CbVd-3; ukrasna kopriva; RT-PCR; SSCP
(Coleviroid; CbVd-1; CbVd-3; RT-PCR; SSCP)

Sažetak
Viroidi su patogeni jednostavniji od virusa. Do sada su pronađeni jedino u biljkama gdje se mogu replicirati bez vidljivih štetnih posljedica po biljku ili mogu uzrokovati simptome slične virusnima. Njihov genom se sastoji od male (246-401 nt), nekodirajuće, jednolančane kovalentno zatvorene molekule RNA. Za rasprostranjivanje ne trebaju viruse pomagače i imaju mogućnost autonomne replikacije što ih čini najmanjim poznatim RNA-replikonima. Ukrasna kopriva (Solenostemon scutellarioides (L.) Codd) domaćin je viroidima roda Coleviroid koji dijele središnju očuvanu regiju (Central Conserved Region, CCR) i pripadaju porodici Pospiviroidae. Cilj mog rada bio je istražiti prisutnost viroida roda Coleviroid u odabranim uzorcima ukrasnih kopriva i identificirati pronađene viroidne vrste. Iz listova tri kultivara biljaka S. scutellarioides ekstrahirana je ukupna RNA. Na njoj je provedena reverzna transkripcija i lančana reakcija polimeraze (RT-PCR) s univerzalnim početnicama za rod Coleviroid dizajniranima prema središnjoj očuvanoj regiji. Amplikoni približnih veličina 250 i 360 baznih parova su klonirani i analizirani metodom SSCP (Single-strand Conformation Polymorphism). Najreprezentativniji produkti su sekvencirani i bioinformatički analizirani. Nukleotidni sljedovi su otkrili prisutnost CbVd-1 i CbVd-3 po prvi puta u Hrvatskoj.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

Napomena
Diplomski rad studenta diplomskog studija molekularne biologije Karla Jezernika proizašao je iz jednosemestralnog istraživanja problematike viroida u ukrasnim koprivama.

POVEZANOST RADA