Naslov
Sklopovska implementacija postupaka za poravnanje genoma
(Hardware implementation of methods for genome alignment)

Autori
Polović, Marko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
17.07

Godina
2014

Stranica
47

Mentor
Vučić, Mladen

Ključne riječi
poravnavanje genoma; programabilna logička polja; FPGA; sustav na čipu; SoC
(genome alignment; field programmable gate arrays; FPGA; system on chip; SoC)

Sažetak
Količine podataka koje se dobiju sekvenciranjem genoma prevelike su da bi njihovo poravnanje na današnjim računalima trajalo dovoljno kratko. Srećom, mnogi algoritmi za poravnanje se mogu paralelizirati te na taj način ubrzati. U ovom radu razvijen je sustav za poravnavanje koji se temelji na sklopovskoj realizaciji Needleman-Wunschevog algoritma. Sustav je implementiran na programabilnim logičkim poljima familije Virtex-6. Implementirano je 511 paralelnih procesnih elemenata koji povezani u linearno sistoličko polje računaju vrijednost poravnanja. Sustav za poravnanje se s računalom domaćinom povezuje pomoću PCI Express sučelja. Razvijeni sustav pokazuje da sklopovski pristup ima velik potencijal za ubrzavanje postupaka za poravnanje.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Elektrotehnika, Računarstvo

POVEZANOST RADA