Naslov
GPU implementacija vremenski učinkovitog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti
(GPU implementation of an efficient linear-memory algorithm for local sequence alignment)

Autori
Žužić, Goran

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
27

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
bioinformatika; višestruko poravnavanje sekvenci; Smith-Waterman; Myers-Miller; Huang-Miller; linearna memorija; paralelizacija; CUDA
(bioinformatics; multiple sequence alignment; Smith-Waterman; Myers- Miller; Huang-Miller; linear memory; parallelization; CUDA)

Sažetak
Višestruko poravnavanje sekvenci jedan je od najvažnijih problema u bioinfor- matici za koje nije razvijeno efikasno egzaktno rješenje. Cilj rada je prona ́ ci najispla- tiviji algoritam koji egzaktno i u linearnoj memoriji rješava dani problem. Istraženi ́ e biti sekvencijalne i paralelne verzije Smith- Watermanovog, Myers- Millerovog i c Huang-Millerovog algoritma te se pokazuje kako zadnji od navedenih nije pogodan za paralelizaciju. Rad je zaokružen pregledom i usporedbom svih dostupnih metoda.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA