Naslov
Program za automatsku analizu protein kodirajućih gena
(Application for automatic analysis of protein coding genes)

Autori
Bulović, Ana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07

Godina
2012

Stranica
59

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
paralozi; eksoni; poravnanje; Smith-Waterman algoritam
(paralogs; exon; alignment; Smith-Waterman algorithm)

Sažetak
Pri anotaciji genoma uobičajena je praksa koristiti heurističke algoritme poravnanja za pronalazak i obilježavanje intron – ekson regija gena pri anotaciji genoma. Zbog prirode heurističkog poravnanja, određen broj eksona nije uspješno identificiran, posebice u vrstama čiji je genom lošije kvalitete. Aplikacija SuperExonRetriever2000 razvijena je s ciljem uporabe optimalnog poravnanja sljedova za pronalak protein kodirajućh regija u genu. Aplikacija nudi mogućnost pronalaska ortolognih proteina u srodnim vrstama, dohvata i pohrane bioloških podataka (protein, gen, eksoni) te generiranja 4 vrste poravnanja eksona. Za svaki se protein može generirati statistika s postocima pokrivenosti pojedinog eksona za svako od četiri vrste poravnanja. Ovo omogućava detaljan pregled slučajeva u kojima se uporabom heurističkih metoda ne može pronaći ekson. Nadalje, iz svakog se poravnanja može rekonstruirati proteinski proizvod. Aplikacija nudi dohvat svih informacija o biološkim sljedovima i poravnanjima na jednostavan i sistematičan način. Za svaki ekson proteina određen je najbolji ponuđeni slijed (Ensembl ili poravnanje). Sve informacije dobivene učitavanjem i obradom poravnanja preslikane su u bazu podataka. Ova baza podataka iskorištena je za generiranje najboljeg proteinskog proizvoda i pregled dobivenih rješenja je uobličen na mrežnim stranicama s nadom da će ona biti korisna pri komparativnoj analizi proteina.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA