Naslov
Procjena funkcionalnog značaja varijanti gena BRCA2 u 5' netranslatirajućoj regiji upotrebom in silico metoda
(In silico methods for assessing potential functional impact of human breast cancer gene BRCA2 sequence variants found in 5' untranslated region)

Autori
Ozretić, Petar

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, neobjavljeni rad, znanstveni

Skup
Godišnja skupština Hrvatskog društva za istraživanje raka

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 20.10.2011

Vrsta sudjelovanja
Pozvano predavanje

Vrsta recenzije
Nije recenziran

Ključne riječi
nasljedni rak dojke; BRCA2; 5' UTR; sekundarna struktura; predikcija
(hereditary breast cancer; BRCA2; 5' UTR; secondary structure; prediction)

Sažetak
BRCA1 i BRCA2 su glavni geni odgovorni za nasljedni karcinom dojke i jajnika i njihove mutacije povećavaju rizik pojave raka. Genetičko testiranje se učestalo provodi ali je približno polovica pronađenih promjena označeno kao varijante nepoznatog kliničkog značaja. Tumačenje neklasificiranih varijanata je glavni problem kod procjene rizika prilikom genetičkog savjetovanja, te se zato koristite različite računalne metode za brzu procjenu njihovog kliničkog značaja. Većina alata predviđa učinak varijanata u kodirajućim regijama ili na granicama eksona-introna. Cilj nam je pronaći prikladnu računalnu metodu procjene štetnosti varijanata u 5' netranslatirajućoj regiji (5' NTR). Kako funkcioniranje NTR-ova osim o nukleotidnom slijedu ovisi i o sekundarnoj strukturi, naša pretpostavka je da štetne NTR varijante remete podstrukture potrebne za regulaciju sinteze proteina. Konsenzus struktura 5' NTR regije gena BRCA2 izgrađena je korištenjem algoritama za predviđanje sekundarne strukture na temelju sekvenci četiri različite vrste organizama. Konsenzus struktura je korištena jer je vjerojatnije da su evolucijski sačuvane strukture funkcionalne. Učinak varijanata je istražen tako da se u ljudsku sekvencu 5' NTR regije gena BRCA2 uključi po jedna varijanta, te se zatim njena sekundarna struktura predviđa korištenjem konsenzus strukture kao kalup. Ako je tako predviđena struktura znatno različita od konsenzusne, ta varijanta može imati funkcionalni značaj. Od 13 pronađenih, varijante c.-26G>A, c.-26G>C, c-26G>T i c.-12T>C najviše remete konsenzus strukturu. Kao što su Gochhait i sur. (2007) pokazali za varijantu c.-26G>C, i ostale tri varijante bi mogle destabilizirati strukture ispred mjesta početka sinteze proteina BRCA2 i time povećati učinkovitost njegove ekspresije. Stoga smatramo da su te tri varijante potencijalno klinički značajne. Računalna metoda za procijenu štetnosti 5' NTR varijanata pokazala se korisnom, posebno u sužavanju izbora varijanata koje treba eksperimentalno finkcionalno karakterizirati.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Temeljne medicinske znanosti

POVEZANOST RADA