Naslov
GPU implementacija vremenski i memorijski učinkovitoga paralelnog algoritma za poravnanje slijedova
(GPU implementation of a space and time optimal parallel sequence alignment algorithm)

Autori
Mikulić, Marija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
01.07

Godina
2013

Stranica
32

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Smith-Waterman; CUDA; paralelizacija; poravnanje; protein; predmetačni račun
(Smith-Waterman; CUDA; parallelization; sequence alignment; protein; prefix computing; scan)

Sažetak
Poravnavanje slijedova proteina bitan je dio istraživanja moderne biologije. Kako se radi o velikoj količini podataka, njihova računalna obrada je ključna za učinkovitost istraživanja. Ovaj rad bavi se pronalaženjem optimalnog poravnanja jednog proteina i liste od N proteina. U informatici se proteini mogu prikazati kao nizovi znakova nad fiksnom abecedom te se njihovo poravnavanje svodi na poravnavanje tih nizova znakova. Obrada podataka i nalaženje optimalnog poravnanja izvodi se pomoću modificiranog Smith-Watermanovog algoritma s afinom funkcijom kazne i predmetačnim računom. Algoritam je implementiran u jeziku CUDA C za izvedbu na CUDA grafičkim procesnim jedinicama. Zbog nemogućnosti rješavanja problema implementacije predmetačnog računa na razini cijele grafičke procesne jedinice, algoritam je implementiran na razini jednog bloka dretvi te su tako analizirane njegove performanse.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA