Pregled bibliografske jedinice broj: 636714
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija, 2013., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 636714 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Računalna metoda za računanje proteinskih interakcija
(Computing method for determing protein interactions)
Autori
Kušević, Katarina
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
09.07
Godina
2013
Stranica
53
Mentor
Šikić, Mile
Ključne riječi
Proteini; Elektrostatska sila; Energija solvatacije; Koeficijent privlačnosti; ASA; Aminokiseline; JAVA; Korelacija
(Proteins; Electrostatic energy; Solvation energy; Affinity data; ASA; Amino acids; JAVA; Corelation)
Sažetak
Algoritam implementiran ovim radom računa elektrostatsku silu i energiju solvatacije proteina. Elektrostatska sila računa se kao zbroj elektrostatskih sila pri međusobnim interakcijama svih atoma u svim aminokiselinama. Podaci potrebni za računanje dobivaju se učitavanjem PDB datoteka i učitavanjem naboja svakog atoma u određenoj aminokiselini. Energija solvatacije računa se kao zbroj energija solvatacije svih aminokiselina u proteinu.Za izračun energije solvatacije potrebni podaci učitavaju se iz datoteke s vrijednostima površina dostupnih otapalu i potencijalom otapala te iz datoteke s radijusom atoma svake aminokiseline. Dobivene vrijednosti se koreliraju s koeficijentom privlačnosti proteina.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo
POVEZANOST RADA
Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZO ) ( CroRIS)
098-1191344-2860 - Proučavanje biomakromolekula računalnim metodama i razvoj novih algoritama (Tomić, Sanja, MZOS ) ( CroRIS)
Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Profili:
Mile Šikić
(mentor)
