Naslov
Orthobalancer: aplikacija za kreiranje skupova bioloških vrsta usporedive taksonomske širine
(Orhobalancer: web application for creation of taxonomically balanced sets of orthologous protein sequences)

Autori
Slijepčević, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
37

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Mihalek, Ivana

Ključne riječi
homologija ; taksonomsko stablo živog svijeta ; FASTA ; neredundantna baza ; mrežna aplikacija ; Python ; jQuery ; AJAX
(homology ; taxonomy tree ; FASTA ; nonredundant database ; web application ; Python ; jQuery ; AJAX)

Sažetak
OrthoBalancer mrežna aplikacija za ulaz uzima skup od n bona fide paralognih — sličnih, ali kodiranih različitim genom — proteinskih sekvenci iz iste vrste. Za svaki paralog, aplikacija vraća skup najsličnijih proteina iz drugih vrsta prisutnih u ishodišnoj bazi podataka. U jezgri aplikacije je modul koji koristi taksonomsko stablo živog svijeta kako bi pronašao zajednički podskup n skupova vrsta, ali ipak dozvoljavajući razinu neizrazitosti ili „zamjenjivosti” srodnih vrsta. Stupanj zamjenjivosti, odnosno razina u taksonomskom stablu ispod koje bilo koja vrsta može poslužiti kao reprezentant pripadajućeg podstabla, se može podesiti od strane korisnika.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA