Naslov
GPU implementacija vremenski efikasnog algoritma za lokalno poravnavanje s linearnom memorijskom složenosti
(GPU implementation of time efficient linear space local alignment algorithm)

Autori
Hucaljuk, Josip

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
43

Mentor
Šikić, MIle

Ključne riječi
bioinformatika; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; poravnavanje sekvenci
(bioinformatics; Smith-Waterman; Needleman-Wunsch; CUDA; sequence alignment)

Sažetak
U ovome radu ukratko je opisano područje bioinformatike te algoritmi za poravnavanje sekvenci koji imaju vrlo bitnu ulogu u bioinformatici. Kako su pri implementaciji paralelizirane verzije programskog rješenja korišteni grafički procesori, također je opisana arhitektura modernih grafičkih procesora. Sama implementacija je detaljnije opisana, kao i provedene optimizacije. Ostvareni rezultati pokazuju ubrzanje od 20 puta u odnosu na sekvencijalnu verziju, što je u skladu s očekivanjima.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA