Naslov
BioMe - web sučelje baze biološki važnih metala
(BioMe - statistical analyzer for biologically relevant metals)

Autori
Rakipović, Alen

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.06

Godina
2012

Stranica
34

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
PDB; proteini; nukeinske kiseline; biometali; statistička analiza
(PDB; proteins; nucleic acids; biometals; statistical analysis)

Sažetak
U ovom radu je opisano web sučelje za statističku analizu metala u biomolekulama. Web sučelje je dio sustava za statističku analizu izrađenog na Fakultetu elektrotehnike i računarstva na Sveučilištu u Zagrebu. Sustav se sastoji od tri dijela: baze podataka, parsera i web sučelja za statističku analizu. MySQL baza podataka u konačnici sadrži podatke o svim strukturama, lancima, metalnim ligandima i atomima te odgovarajućim udaljenostima, kutovima i geometrijskim strukturama. Tako stvorena baza podataka, veličine oko 150 MB, služi za statističku analizu i javno je dostupna za preuzimanje. Prvenstveno su dostupni podaci za proteinske, RNK i DNK lance, ali i za sve ostale komponente biomolekula. Statističku analizu moguće je obaviti kroz web sučelje implementirano pomoću GWT-a. Korisnik može saznati razne statističke podatke kao što su prisustvo odabranog liganda u koordinaciji s metalom, raspodjelu koordinacijski brojeva, postotak metalnih iona koordiniran s kombinacijama odabranih ligada, raspodjelu monodentatnih i bidentatnih metalnih karboksila, raspodjelu po koordinatnim geometrijama te druge. Rezultati su dostupni u brojevnom i grafičkom formatu. Baza podataka i sučelje za statističku analizu služe kao bogat izvor informacija za istraživačku zajednicu. Uloga metala u proteinima je još uvijek slabo istraženo područje, stoga vjerujemo da će ovaj alat poslužiti znanstvenicima u budućim istraživanjima. U usporedbi s postojećim alatima, ovaj alat je nadmoćniji zato što uvijek nudi najsvježiju informaciju, objedinjuje sve ponuđene podatke na jednom mjestu i nudi mnoštvo novih podataka. Osim navedenoga, sustav je brži i stabilniji. Dostupan je na http://metals.zesoi.fer.hr.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Računarstvo

POVEZANOST RADA