Naslov
Identifikacija i molekulska svojstva izolata kokošjih i puranskih astrovirusa izdvojenih u Hrvatskoj
(Identification and molecular characterization of chicken and turkey astroviruses isolated in Croatia)

Autori
Biđin, Marina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Veterinarski fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
10.05

Godina
2012

Stranica
127

Mentor
Lojkić, Ivana

Ključne riječi
kokošji i puranski astrovirusi; molekulska svojstva; filogenetska analiza
(chicken and turkey astroviruses; molecular characterization; phylogenetic analysis)

Sažetak
Opisana je identifikacija, molekulska svojstva i proširenost AAstV u jatima domaće peradi u Hrvatskoj. Istraživanjem je obuhvaćeno ukupno 38 jata, odnosno 22 jata purića i 16 jata pilića, dobi 2-40 dana. Od uginule peradi su prikupljeni uzorci crijeva, timusa, slezene i Fabricijeve burze. Uzorci svih organa su pomoću PCR metode i specifičnih početnica pretraživani na AAstV ; ANV, CAstV, TAstV-1 i TAstV-2. ANV je dokazan u šest jata purića i šest jata pilića, CAstV-2 u 1 jatu pilića, TAstV-1 u 11 jata purića, a TAstV-2 u sedam jata purića i 2 jata pilića. Dokaz TAstV-2 infekcije u pilića predstavlja do sada prvi nalaz ovog virusa u kokoši. Sekvenciranjem su dobiveni odsječci ORF 1b od ANV, CAstV, TAstV-1 i TAstV-2, kao i odsječci ORF2 od TAstV-2 pozitivnih uzoraka. Sekvence domaćih izolata su molekulski i filogenetski (pomoću NJ metode temeljene na p-udaljenosti) analizirane i uspoređene sa stranim izolatima. Tako je utvrđeno postojanje tri genetičke skupine ANV, označene kao skupina ANV-1, ANV-1 sličnih i ANV-2 sličnih virusa. Izolat CAstV je po aminokiselinskom sastavu bio gotovo jednak sa šest uspoređivanih sekvenci (97, 5-99, 1%), dok je najveću nukleotidnu sličnost (90, 4%) dijelio sa sekvencom GA-SEP-A365-08, podrijetlom iz SAD-a. Prema filogenetskom NJ stablu, dobivenom analizom odsječaka polimeraze od izolata TAstV-1, domaće sekvence su svrstane u tzv. ''europsku'' i ''američku'' skupinu. Hrvatske TAstV-1 sekvence su imale ukupno devet jedinstvenih nukleotidnih promjena, od kojih se pet odrazilo na promjenu aminokiselinskog sastava. Molekulska i filogenetska analiza odsječaka ORF 1b i ORF 2 od domaćih i stranih izolata TAstV-2 je pokazala genetičku ujednačenost i srodnost domaćih sekvenci. Analizom oba odsječka TAstV-2 nisu dokazane vrsno specifične razlike genotipova virusa podrijetlom iz purića ili pilića. Sravnjivanjem nukleotidnih slijedova ORF 1b od svih uspoređivanih izolata AAstV su dobiveni odsječci dužine 134 nt, koji su filogenetski analizirani JC69 metodom. Filogenetsko NJ stablo i molekulska analiza su pokazali da je ANV filogenetski najudaljeniji ptičji astrovirus, dok CAstV, TAstV-1 i TAstV-2 pripadaju u evolucijski bližu skupinu virusa.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Veterinarska medicina

POVEZANOST RADA