Pregled bibliografske jedinice broj: 547843
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma, 2010., diplomski rad, diplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 547843 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Predviđanje mjesta proteinskih interakcija koristeći algoritam slučajnih šuma
(Prediction of protein-protein interactions using Random Forests)
Autori
Petrović, Juraj
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
03.07
Godina
2010
Stranica
49
Mentor
Šikić, Mile
Ključne riječi
Predviñanje proteinskih interakcija; Neredundantni skup; Algoritam slučajnih šuma; Sekvenca; Evolucijski profili; Redundancija; Matrica pogreške
(Prediction of proteinHprotein interactions; NonHredundant dana set; Random Forests algorithm; Sequence; Evolution profiles; Redundancy; Error matrix)
Sažetak
Predviñanje proteinskih interakcija aktualna je tema iz područja bioinformatike čiji je cilj predvidjeti potencijalne interakcije proteinskih lanaca te ih primijeniti u kreiranju lijekova, tumačenju složenih metaboličkih reakcija ili nekom drugom području. Zadatak ovog diplomskog rada bio je odrediti mjesta interakcija za postojeće neredundantne skupove proteina i pokušati ih predvidjeti klasifikatorom. Mjesta proteinskih interakcija odreñena su na temelju dvije definicije: PIADA algoritmom i preko maksimalne dozvoljene udaljenost od 6 Å izmeñu teških atoma s lanaca proteina u interakciji. Na temelju odreñenih mjesta interakcija provedena je detaljan statistička analiza i kreiran je binarni klasifikator za predviñanje interakcija. Klasifikacija je provoñena temeljem slijeda aminokiselinskih ostataka koji tvore lanac proteina i odgovarajućih profila slijeda. Rezultati ostvareni u radu sugeriraju da iako i sekvenca u većoj i profili u manjoj mjeri sadrže informaciju koja je korisna za klasifikaciju, oni sami nisu dovoljni za visoke rezultate klasifikacije mjerljive preko preciznosti i odziva. Rezultati statističke analize ukazuju na to da su korišteni skupovi po sastavu i svojstvima vrlo slični, iako bi bilo pogrešno tvrditi da si potpuno odgovaraju po svojstvima.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Računarstvo
POVEZANOST RADA
Projekti:
036-0362214-1987 - Modeliranje kompleksnih sustava (Jeren, Branko, MZO ) ( CroRIS)
Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
