Naslov
Automatska izrada testnog skupa za predvidanje proteinskih interakcija
(The automated construction of a testing set for predicting of protein interactions)

Autori
Petrović, Juraj

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2008

Stranica
38

Mentor
Jeren, Branko

Neposredni voditelj
Šikić, Mile

Ključne riječi
neredundantni testni skup; proteini; proteinska struktura; proteinske interakcije; amino kiseline
(non-redundant testing set; proteins; protein structure; protein interactions; amino acids)

Sažetak
Izrada neredundantnog testnog skupa postupak je koji prethodi mnogim istraživanjima strukture proteina i aktivnih dijelova njihove površine koji imaju funkciju mjesta interakcije. Traženi neredundantni testni skup u ovom radu definiran je kao skup tranzijentnih biološki funkcionalnih multimerskih kompleksa sa bar dva lanca duljine više od 30 aminokiselina, rezolucije najviše 2.5Å , koji nisu teoretski modeli ili NMR strukture i nemaju međusobnu sličnost lanaca veću od 30%. Početni skup struktura dobiven je iz RSCB PDB baze i analizom svojstava u odnosu na zadana u njemu su ostavljene samo zadovoljavajuće strukture. Osim parsiranja PDB datoteka, primjene metode obuhvaćaju i propuštanje kroz PISA poslužitelj, te korištenje dodatnih informacija o tranzijentnosti kompleksa iz UniProt baze. U rezultantnom skupu još su samo uklonjeni proteini sa sličnošću lanaca većom od 30% pomoću cluster 30% datoteke sa UniProt Web sjedišta.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA