Naslov
Alat za prianjanje proteina: moduli za rotaciju i vrednovanje rezultata
(Protein Docking tool: rotation and scoring modules)

Autori
Antulov-Fantulin, Nino

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
06.07

Godina
2010

Stranica
64

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
prianjanje proteina; sferni harmonici; radijalne funkcije
(Protein Docking; Spherical Harmonics; radial functions)

Sažetak
Prianjanje proteina (engl. Protein Docking) proučava mogućnosti stvaranja proteinskih kompleksa. U ovom radu korištena je SPF metoda (engl. Spherical Polar Fourier) koja ljuske proteina rastavlja u redove trodimenzionalnih baznih funkcija. U prvom poglavlju objašnjeni su matematički fundamenti potrebni za razumijevanje algoritma prianjanja proteina. U drugom poglavlju opisuju se ljuske proteina, njihov razvoj u red baznih funkcija, rotacija i numerička metoda translacije ljusaka tj. generiranja translacijskih matrica. Poglavlje tri opisuje način ocjene komplementarnosti površina proteina. U ovom poglavlju se daje potpuni izvod brzog algoritma prianjanja proteina koji je korišten u ovom radu. Poglavlje četiri opisuje implementaciju slijedne i paralelne verzije brzog algoritma za prianjanje proteina. Poglavlje pet opisuje provedene testove i dobivene rezultate. Provedeni su testovi nad 3HFL i 1AY7 proteinskim kompleksima. Detektirane su kristalografske strukture što upućuje na točnost implementirane metode. Takoner su pokazana dobivena ubrzanja sa novim brzim algoritmom prianjanja proteina. Dobivena su ubrzanja preko sedam puta u slijednom algoritmu u praktičnim uvjetima. U paralelnom algoritmu su dobivena ubrzanja do 14 puta za praktične uvjete i ispitano je 136 milijuna konformacija po kompleksu.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Računarstvo

POVEZANOST RADA