Naslov
Alat za prianjanje proteina: modul za utvrđivanje interakcija
(Protein Docking Tool: Module For Interaction Detection)

Autori
Čolić, Dragana

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet Elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
06.07

Godina
2010

Stranica
52

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
Proteini; interakcije; PSAIA; PDT; paralelizacija; PDB; vodikove veze; polarnost; Hidrofobnost; Van der Waals; cistinski mostovi; pi interakcije
(protein; interaction; PSAIA; PDT; parallelization; PDB; hydrogen bonds; polarity; hydrophobicity; Van der Waals; cystein; pi interactions)

Sažetak
U okviru rada programski je ostvaren modul za analizu proteinskih interakcija između proteina nastalih kao posljedica dokiranja dva proteina PDT programskim alatom. Prilikom analize, uzete su u obzir vodikove, pi, polarne, hidrofobne cistinske i Van der Waalsove interakcije. Također su razmatrane nepovoljne interakcije koje sugeriraju malu vjerojatnost pronađene konformacije atoma. Njima je pridružena negativna vrijednost. Programska definicija veze uključuje definicije atoma koji je mogu tvoriti, udaljenosti i kutova na kojima veza može postojati te njezine jakosti. Vrste veza koje se pretražuju definiraju se preko XML datoteka. Osim toga parametarski se zadaje i maksimalna udaljenost atomskih i aminokiselinskih parova koji će se promatrati prilikom pretraživanja interakcija. Izlaz PDT alata oko 1000 mogućih konformacija atoma, cilj je pronaći najvjerojatnije među njima. Ukupna kvaliteta konformacije ocjenjuje se zbrojem svih pozitivnih i negativnih jakosti pronađenih veza. Kako bi se ubrzala obrada tako velikog broja datoteka korištena je paralelizacija uz pomoć dretvi. Rezultati podjelom posla na 10 dretvi doveli su do ubrzanja programa oko 5 puta. Brzini je također doprinijelo u manjoj mjeri podešavanje parametara koji smanjuju prostor pretraživanja veza. Budući da je sam algoritam pretraživanja veza kvadratne složenosti, brzo raste s veličinom proteina. Ovakva implementacija, primjenjiva je na proteine s 104 atoma. Kako bi se mogla primijeniti i na veće proteina, potrebna je dodatna optimizacija. Budući da su tehnološka ubrzanja linearna ne mogu u konačnici potpuno riješiti problem kvadratne složenosti.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA