Naslov
Računalom potpomognuta klasifikacija neribosomalno sintetiziranih peptida
(Computer aided classification of nonribosomal peptide systems)

Autori
Rešetar, Dina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
07.10

Godina
2010

Stranica
56

Mentor
Hranueli, Daslav

Neposredni voditelj
Starčević, Antonio

Ključne riječi
Neribosomalno sintetizirani peptidi ; siderofori ; S. scabies ; ClustScan
(Nonribosomally synthesized peptides ; siderophores ; S. scabies ; ClustScan)

Sažetak
U posljednje se vrijeme, u javnosti, pojavilo veliko zanimanje za oblikovanje novih lijekova. Biološki aktivne supstancije za njihovo se oblikovanje sve više traže u genomima i metagenomima sekvenciranih mikroorganizama. Razvijen je čitav niz javno dostupnih baza podataka i bioinformatičkih alata za njihovu analizu. To se posebno odnosi na bioinformatičke alate koji analiziraju genske nakupine, čiji produkti sudjeluju u sintezi sekundarnih metabolita u uvjetima in silico. U ovome je radu sistematizirano znanje o dosada poznatim i detaljno opisanim sekundarnim metabolitima, neribosomalno sintetiziranih peptida i siderofora, radi njihove bolje klasifikacije. Detaljnija klasifikacija omogućila je izradu vlastitih profila proteina za navedene skupine sekundarnih metabolita kojima je unaprijeđen bioinformatički alat ClustScan. Ti su profili testirani na novosekvencioniranom i dosada neopisanom genomu vrste Streptomyces scabies. Na temelju sličnosti genoma vrste S. scabies i dosad anotiranih genoma S. coelicolor i S. avermitilis pretpostavlja se da će anotiranje novog genoma dovesti do pronalaska novih genskih nakupina odgovornih za biosintezu neribosomalno sintetiziranih peptida i siderofora.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biotehnologija

POVEZANOST RADA