Naslov
Uloga proteomike u razvoju lijekova – optimizacija uzorka za dvodimenzionalnu gel-elektroforezu
(Proteomics in drug development – optimization of sample preparation for the two-dimensional gel-electrophoresis)

Autori
Sedić, Mirela ; Kraljević Pavelić, Sandra

Izvornik
Medicina : glasilo Hrvatskoga liječničkoga zbora, Podružnica Rijeka (0025-7729) 45 (2009); 276-285

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Radovi u časopisima, članak, znanstveni

Ključne riječi
dvodimenzionalna gel-elektroforeza; optimizacija pripreme uzorka; proteomika
(two-dimensional gel-electrophoresis; optimization of sample preparation; proteomics)

Sažetak
Uvod: Dvodimenzionalna gel-elektroforeza (2-DE) metoda je analize kompleksnih proteinskih smjesa izdvojenih iz stanica, tkiva, tjelesnih tekućina ili drugih bioloških uzoraka, koja objedinjuje dva različita elektroforetska postupka: izoelektrično fokusiranje i SDS-poliakrilamidnu gel-elektroforezu. Metode: U ovom radu ispitan je utjecaj četi riju različiti h pufera na proteomske profile dviju staničnih linija karcinoma kolona, SW 620 i HCT 116 uzgojenih klasičnim metodama uzgoja stanica in vitro uz pomoć metode 2-DE, u pH rasponu 3 – 10 NL, te rasponu molekulskih težina od 14 do 100 kDa. Rezultati : Dobiveni rezultati pokazuju kako se pojedini puferi međusobno razlikuju po prirodi proteina koji su specifi čno otopljeni, što je djelomično ovisilo i o staničnoj liniji. Diskusija: Topljivost proteina jedan je od najvećih problema pri korištenju 2-DE, što naročito dolazi do izražaja kod hidrofobnih membranskih proteina, proteina jezgre i proteina izrazito sklonih agregaciji. Jedan od načina poboljšanja topljivosti proteina je i opti mizacija pufera za izdvajanje proteina, pri čemu se u pufer dodaju zwitt er-ionski amfi fi lni surfaktanti poput CHAPS, SB 3-10 (kaprilil sulfobetain) i ASB-14, te uporabom ti ouree u kombinaciji s ureom. Gelovi dobiveni uz pomoć pufera koji sadrži CHAPS imali su najbolju rezoluciju i na njima je bilo moguće detekti rati najveći broj jedinstvenih proteinskih vrsta obiju ispitanih staničnih linija. Zaključak: Postupkom opti mizacije pripreme uzorka za analizu mehanizama učinka novosinteti ziranog protutumorskog spoja na razini proteoma uz pomoć 2-DE pokazano je kako je pufer sastava 7M urea + 2M tiourea + 4% (w/v) CHAPS optimalan pufer za izolaciju i razdvajanje smjese proteina dobivene iz tumorskih staničnih linija kolona HCT-116 i SW 620.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Temeljne medicinske znanosti

POVEZANOST RADA