Naslov
Računalna metoda za predviđanje mjesta proteinskih interakcija
(Computational method for prediction of protein-protein interaction sites)

Autori
Šikić, Mile

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, doktorska disertacija

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
29.09

Godina
2008

Stranica
123

Mentor
Jeren, Branko

Neposredni voditelj
Vlahoviček, Kristian

Ključne riječi
proteinska međudjelovanja; slijed; prostorna struktura; metoda slučajnih šuma; klasifikacija; prianjanje
(protein – protein interactions; sequence; residues; 3D protein structure; Radnom Forest; Classification; protein docking)

Sažetak
Predmet je disertacije predviđanje mjesta proteinske interakcije na osnovi informacija iz slijeda i strukture proteina koji sudjeluju u interakciji. U radu se mjesto interakcije definira kao pomični prozor od 9 ostataka, u kome je barem središnji ostatak mjesto dodira. Ostatak se definira da je u dodiru ako se njegov najbliži atom nalazi na manje od 6 Å od najbližeg atoma ostatka koji pripada susjednom lancu. Na osnovi postojećeg skupa za učenje klasifikacija i provjera rezultata provedena je koristeći metodu slučajnih šuma i OR metode. OR metode, razvijene u ovom radu se temelje na kombiniranju klasifikatora i poboljšanju F-mjere pri radu s neuravnoteženim podacima. Za predviđanje mjesta interakcije iz prostorne strukture proteina uz slijed upotrijebljena su i ova svojstva: nepolarna ASA, maksimalna ukopanost, srednja ukopanost, minimalna izbočenost i hidrofobnost. Rezultati dobiveni u ovome radu za predviđanje na osnovi samo slijeda su bolji od dosadašnjih, a rezultati na osnovi podataka iz slijeda i prostorne strukture u rangu su rezultata najboljih metoda u ovom području. Kroz analizu na 9 UCI skupova podataka primjena OR metode pokazala je poboljšanje rezultata. Na kraju rada, primjenom metode predviđanja na osnovi slijeda i prostorne strukture, predviđena su mjesta interakcije na Ras i C-Raf proteinima te je metodama prianjanja i molekularne dinamike dobivena struktura Ras-Raf kompleksa.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika, Biologija, Računarstvo

POVEZANOST RADA