Naslov
Računalna studija mehanizma piruvat-formijat-liaze
(A Computational Study of Substrate Mechanism of Pyruvate-Formate Lyase)

Autori
Čondić-Jurkić, Karmen

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet (Kemijski odsjek)

Mjesto
Zagreb

Datum
13.06

Godina
2006

Stranica
97

Mentor
Maksić, Zvonimir B.

Neposredni voditelj
Smith, David M.

Ključne riječi
ab initio ; DFT ; ONIOM ; piruvat-formijat-liaza ; QM/MM ; radikalski enzimi
(ab initio ; DFT ; ONIOM ; pyruvate-formate lyase ; QM/MM ; radical enzymes)

Sažetak
Aktivno mjesto piruvat-formijat-liaze (PFL) modelirano je malim modelnim sustavima, koji su potom opisani kvantno-mehaničkim (QM) računima na visokoj razini teorije da bi se usporedila reaktivnost prirodnog supstrata piruvata i inhibitora oksamata. Također je trenutno prihvaćeni enzimski mehanizam, koji uključuje adiciju cisteinil-tioradikala na karbonilni ugljik supstrata, uspoređen s alternativnim mehanizmom koji uključuje otcjepljivanje vodika sa supstrata kao početni korak i to za oba supstrata. Za potonji mehanizam, a koji važan zbog poznate strukturne homologije između PFL i familije ribonukleotid-reduktaza, ustanovljeno je da se odvija preko sličnih reakcijskih barijera, no termodinamički je mnogo nepovoljniji. Uzrok inihibitornog utjecaja oksamata može se tražiti u povećanju energijske barijere i reakcijske energije duž reakcijske staze prihvaćenog mehanizma. Rezultati kvantno-mehaničkih računa iskorišteni su i kao mjerilo za ispitivanje prikladnosti primjene kombiniranog QM/MM pristupa ovom sustavu. Usporedba pokazuje da QM/MM tehnika daje reakcijske barijere i entalpije u dobrom slaganju s onim dobivenim QM obradom, no nekim svojstvima se treba prići s izvjesnim oprezom, kao u slučaju energija kompleksacije.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Kemija

POVEZANOST RADA