Naslov
Utjecaj palindromskih sekvencija na stabilnost genoma kvasca Saccharomyces cerevisiae
(The influence of palindromic sequences on the stability of the yeast Saccharomyces cerevisiae genome)

Autori
Lisnić, Berislav

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad

Fakultet
Prehrambeno-biotehnološki fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
19.03

Godina
2003

Stranica
68

Mentor
Zgaga, Zoran

Ključne riječi
kvasac; homologna rekombinacija; palindromske sekvencije; genetička stabilnost
(yeast; homologous recombination; palindromic sequences; genetic stability)

Sažetak
Genomi velikog broja organizama sadrže ponovljene sekvencije, organizirane kao direktna Ili obrnuta ponavljanja s različitim stupnjevima homologije. Palindromske sekvencije predstavljaju posebnu vrstu obrnuto ponovljenih sekvencije, zbog toga što mogu poprimiti konformaciju ukosnice ili križne strukture u DNA. Iako su prisutne u funkcionalno važnim dijelovima genoma (mjesta za inicijaciju replikacije, terminatori itd.) Paiindromske sekvencije pokazuju destabilizirajući učinak na integritet genoma induciranjem rekombinacije i uzrokujući delecije. Navedeni učinci objašnjavaju se sa dva predložena modela (model replikacijskog bloka i model nastanka dvolančanog loma), a oba su podržana znatnim eksperimentalnim rezultatima. Međutim, prava priroda događaja koji dovode do destabilizacije genoma posredovane palindromskim sekvencijama još uvijek nije poznata. Kako bi se stekao bolji uvid u čimbenike koji utječu na stimulaciju rekombinacije uzrokovanu palindromima, u ovom radu konstruirana je serija izogenih sojeva kvasca koji su na desetom kromosomu imali dvije direktno ponovljene kopije regije CYC1. U svakom soju palindromska sekvencija duljine 112 bp smještena je između, ili u jednoj od ponovljenih kopija, te je mjerena stopa pop-out rekombinacije, koristeći gen URA3 kao marker za selekciju rekombinanata. Kao kontrole korišteni su sojevi bez Paiindromske sekvencije, ili sa nepalindromskom sekvencijom koja je bila iste veličine i locirana na istom mjestu u regijama CYC1 kao i palindromska sekvencija. Prisustvo Paiindromske sekvencije u ovom eksperimentalnom sustavu uzrokovalo je povećanje stope rekombinacije od 3 do 9 puta, a povećanje je bilo najveće kada je palindromska sekvencija bila smještena između ponovljenih kopija. Analiza pop-out rekombinanata pokazala je da se prilikom rekombinacije palindromska sekvencija očuva u 1% slučajeva, za razliku od nepalindromske sekvencije koja se očuva u 30% slučajeva. Ovi rezultati upućuju na zaključak da su Paiindromske sekvencije rekombinogene zbog toga što se u njih uvode dvolančani lomovi od strane još zasad nepoznate endonukleaze.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Biotehnologija

POVEZANOST RADA