аЯрЁБс>ўџ ўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџьЅС7 јП€bjbjUU .7|7|Рџџџџџџl       4VVVV b 4… ьzО Р Р Р Р Р Р $q ‘ 2ф - ф    8Ђ  О О МО  О n U<ЁэнФ4"V2 О О I <… О Ув0УО 44    йIZU AVANJE PROTEIN  PROTEIN INTERAKCIJA KORISTEI COMBINE ANALIZU INVESTIGATION OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS USING COMBINE ANALYSIS Branimir Bertoaa1, Sanja Tomi1 1 Institut Ruer Boakovi, Bijeni ka 54, Zagreb, Hrvatska Proteini iz Ras skupine sudjeluju u stani noj signalizaciji i utje u na profileraciju i diferencijaciju stanica. Ras proteini djeluju kao signalne sklopke koje mogu postojati u dva oblika, aktivnom u kojem ve~u GTP, i inaktivnom s vezanim GDP. U aktivnom obliku Ras proteini stupaju u interakciju s proteinima koji predstavljaju njihove efektore i na taj na in prenose signal. Hidrolizom nukleotida dolazi do konformacijske promijene i raspada kompleksa. injenica da je kod 30% ljudskih tumora naen aktivirani oblik Ras gena u stanici ukazuje na njihovu ulogu u nastanku tumora. Iako je domena preko koje Ras proteini ostvaruju interakciju s efektorima sa uvana unutar Ras skupine proteina, velike su razlike u stabilnosti kompleksa razli itih Ras proteina s razli itim efektorima. Koristei termodinami ka mjerenja stabilnosti kompleksa mutanata Ras proteina i mutanata proteina efektora [1] naena je korelacija izmeu 3D strukture i aktivnosti i napravljen je 3D QSAR (Quantitative Structure  Activity Relationship) model kojim je mogue predvidjeti ja inu vezanja novih mutanata. Izgradnja modela temelji se na COMBINE (Comparative Binding Energy) analizi u kojoj se slobodna energija interakcije prikazuje kao uravnote~ena suma elektrostatskih i van der Waalsovih interakcija izmeu rezidua:  EMBED Equation.3  Najva~nija odlika COMBINE modela jest mogunost predvianja novih mutacija koje bi znatno utjecale na stabilnost kompleksa Ras proteina s efektorom, te time i na njihovu sposobnost prijenosa signala u stanici. Glavnu ulogu u stvaranju kompleksa imaju elektrostatski nabijene aminokiseline smjeatene u blizini dodirne povraine Ras proteina i efektora. [1] C. Kiel, L. Serrano, C. Herrmann, J. Mol. Biol. 340 (2004) 1039  1058. ftюќ24NPRTЦШЊФђє 2NT€іщіщіфофофжЯфШУЕЎУЊІ5\6] jEHфџUjкІaE UVaJmH sH  jU cHdh9KŒ† CJmHsHCJH*mHsH H*mHsHmHsH56CJ\]mHsH5CJ\mHsH†RЦШ№ђ"$фц€њњјњњѓёёьёёёё$a$$a$$a$ €§,1hА‚. АЦA!Ам"Ам#/ $/ %ААХАХ ФŒDd шш№JВ № C №A?П џ"ёП€№€2№юЋVљ„є }Ќei"[jЕщџЪD `!№ТЋVљ„є }Ќei"[jЕщj`p Р:ўxкcdрd``оЪШРРФ УЌ@ЬЩc112BYŒLџџџГє% bмpu?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRўџџџTўџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџўџ џџџџЮРFMicrosoft Equation 3.0 DS Equation Equation.3є9Вq^ТУрнœџ …”ƒG†=ƒw ƒiƒvƒdƒw ƒu ƒiƒvƒdƒwƒi †" †+ƒw ƒiƒeƒlƒe ƒu ƒiƒeƒlƒeƒi †" †+ƒCEquation Native џџџџџџџџџџџџп1TableџџџџУSummaryInformation( џџџџ$DocumentSummaryInformation8џџџџџџџџџџџџ|ўџр…ŸђљOhЋ‘+'Гй0є˜ 8DP` |ˆ Є А М ШдмфьтePROMATRANJE INTERAKCIJA MEаU PROTEINIMA UKLJUШENIM U STANШNU SIGNALIZACIJU KORISTEЦI COMBINE ANALIZUAROMbranimir bertošaAKCranranNormalrbranimir bertošaAKC4anMicrosoft Word 9.0C@„™ @В‰ынФ@ТщхнФ@Ьњ—энФdўџеЭеœ.“—+,љЎ0L hp|„Œ” œЄЌД М -тIRB йП ePROMATRANJE INTERAKCIJA MEаU PROTEINIMA UKLJUШENIM U STANШNU SIGNALIZACIJU KORISTEЦI COMBINE ANALIZU Title i8@ёџ8 NormalCJ_HaJmH sH tH <A@ђџЁ< Default Paragraph Font4B@ђ4 Body Text$a$mHsH@ў@  Balloon TextCJOJQJ^JaJРџџџџCˆ‰ЉуфјљrsТ˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜@0€€˜0€€˜0€€˜0€€˜0€€€ € € љ Р:”џ•„ффххя№ѓєћћќќ((),,SUbbcc‰‰’“ЪЫЫї  CFG,,їјљbbceefmmxyœœААqqНОТBC‡‰ЈЉтффbbccї їјqqsНОПТффххћћќќ((,,bbcc‰‰ЫЫї FF,,їјbbeemmœœААqqЁНОТџџbranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaabranimir bertoaa Sanja Tomicbranimir bertoaaBC:\Documents and Settings\branimir\My Documents\RAS\abstract_S.docbranimir bertoaafC:\Documents and Settings\branimir\Application Data\Microsoft\Word\AutoRecovery save of abstract_S.asdbranimir bertoaaBC:\Documents and Settings\branimir\My Documents\RAS\abstract_S.docbranimir bertoaaBC:\Documents and Settings\branimir\My Documents\RAS\abstract_S.docџ@€ООˆтyОН(РpppџџUnknownbranimir bertoaaџџџџџџџџџџџџGю‡z €џTimes New Roman5€Symbol3&ю ‡z €џArial5&ю ‡z!€џTahoma"1ˆ№аh7KŒ†rKŒ†cKŒ†Vd ?!№м/ ДД0dй[ф3ƒ№мHџџdPROMATRANJE INTERAKCIJA MEU PROTEINIMA UKLJU ENIM U STAN NU SIGNALIZACIJU KORISTEI COMBINE ANALIZUbranimir bertoaabranimir bertoaaўџ џџџџ РFMicrosoft Word Document MSWordDocWord.Document.8є9ВqCompObjџџџџџџџџџџџџSjџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџџ