Naslov
Upotreba mikrosatelitnih biljega u klasifikaciji kultivara
(The use of microsatellite markers in cultivar classification)

Autori
Šatović, Zlatko ; Vaz Patto, Maria Carlota ; Javornik, Branka ; Belaj, Angjelina

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Program i sažeci Hrvatskoj oplemenjivačkog i sjemenarskog kongresa - Sjemenarstvo 5-6/2005 / Kolak, Ivan ; Kovačević, Josip ; Lalić, Alojzije, Šatović, Zlatko - Zagreb : Hrvatsko agronomsko društvo, 2005, 242-243

Skup
Hrvatski oplemenjivački i sjemenarski kongres

Mjesto i datum
Osijek, Hrvatska, 31.05.2005. - 04.06.2005

Vrsta sudjelovanja
Predavanje

Vrsta recenzije
Domaća recenzija

Ključne riječi
mikrosateliti; klasifikacija kultivara; genetska raznolikost; genetska udaljenost; mutacijski modeli
(microsatellites; cultivar classification; genetic diversity; genetic distance; mutation models)

Sažetak
Genotipizacija kultivara molekularnim tehnikama na razini DNA omogućava preciznu identifikaciju, klasifikaciju i kvantitativnu procjenu genetske raznolikosti. Točna procjena postaje sve bitnija jer sužavanjem genetske raznolikosti može doći i do smanjenja plastičnosti kultura u prilagodbi budućim klimatskim promjenama kao i promjenama u populacijama patogena i u agrikulturnoj praksi. Mikrosateliti ili Pojavljajuće jednostavne sekvence (Single Sequence Repats - SSRs) su kratki segmenti DNA u kojim se specifični motiv sastavljen od jedne do šest nukleotidnih baza ponavlja. Ove regije su česte, javljaju se nasumično po biljnom genomu i obično pokazuju veliku varijabilnost između jedinki, populacija i vrsta. Da bi se koristili kao molekularni biljezi, mikrosatelitni lokusi se pojedinačno amplificiraju pomoću lančane reakcije polimerazom (PCR) koristeći oligonukleotidne početnice (primers) specifičnima za sekvence DNA koje omeđuju sekvencu SSR. Polimorfizam u dužini amplificiranih fragmenata uzrokovan je razlikama u broju ponavljanja motiva. Imajući na umu velik broj dostupnih molekularnih sustava biljega, mikrosateliti su vrlo dobar izbor za različite svrhe, budući da su specifični za određeni lokus, kodominantni, vrlo polimorfni i ponovljivi. Kod nekih biljnih vrsta kao što su kukuruz, riža ili Arabidopsis, prikupljena je velika kočina podataka o sekvencama DNA tako da se mikrosateliti mogu lako identificirati pretraživanjem baza podataka. No, budući da su mikrosateliti uglavnom specifični za određenu vrstu, za vrste kod kojih nema informacija o mikrosatelitnim početnicama, razvitak novih SSR analizom genomskih knjižnica DNA obogaćenima s jednim ili više ponavljajućih motiva iziskuje naporan rad uz relativno visoke troškove. U ovom je radu dan pregled osnovnih statističkih metoda analize mikrosatelitnih podataka. Raspravljena je informativnost mikrosatelitnih biljega kao i upotreba metoda genetske udaljenosti temeljenih na različitim modelima mutacije mikrosatelita. Dani su primjeri klasifikacije kultivara kod kukuruza, hmelja i maslina koji predstavljaju različite pristupe analizi mirkosatelitnih podataka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Poljoprivreda (agronomija), Biotehnologija

POVEZANOST RADA