Pregled bibliografske jedinice broj: 163970
Y71F tirozin fenol-liaza iz Citrobacter freundii kompleksirana s 3-fluor-L-tirozinom
Y71F tirozin fenol-liaza iz Citrobacter freundii kompleksirana s 3-fluor-L-tirozinom, 2003., diplomski rad, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 163970 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Y71F tirozin fenol-liaza iz Citrobacter freundii kompleksirana s 3-fluor-L-tirozinom
(Y71F tyrosine phenol-lyase from Citrobacter freundii complexed with 3-fluoro-L-tyrosine)
Autori
Milić, Dalibor
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad
Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
19.12
Godina
2003
Stranica
52
Mentor
Matković-Čalogović, Dubravka
Ključne riječi
tirozin fenol-liaza; piridoksal-5'-fosfat; L-tirozin; 3-fluor-L-tirozin; kinonoidni međuprodukt; proteinska kristalografija; struktura enzima
(tyrosine phenol-lyase; pyridoxal 5'-phosphate; L-tyrosine; 3-fluoro-L-tyrosine; quinonoid intermediate; protein crystallography; enzyme structure)
Sažetak
Tirozin fenol-liaza (TPL), enzim ovisan o piridoksal-5'-fosfatu (PLP), katalizira reakciju beta-eliminacije L-tirozina. Trodimenzijska struktura Y71F mutanta TPL-a iz Citrobacter freundii kompleksiranog s 3-fluor-L-tirozinom (prostorna grupa P21212 ; a = 133, 64 Å , b = 144, 40 Å , c = 59, 66 Å ) određena je metodom molekulske zamjene pri rezoluciji 2, 04 Å koristeći koordinate TPL-a divljeg tipa kompleksiranog s L-alaninom. Konačni strukturni model utočnjen je do R-faktora 18, 3% (Rfree 23, 8%). Asimetrična jedinica sadrži dvije podjedinice TPL-a (katalitički dimer) s dva strukturno različita aktivna mjesta na sučelju dviju podjedinica. Jedno aktivno mjesto nalazi se u “ otvorenoj” konformaciji, dok je drugo u “ zatvorenoj” . Nagađa se da slične konformacije aktivnih mjesta postoje i u otopini. Ligand vezan u aktivnom mjestu “ otvorene” konformacije (PFT(B)) očekivani je kinonoidni međuprodukt. Struktura liganda vezanog u aktivnom mjestu “ zatvorene” konformacije (PFT(A)) je neobična i od strukture PFT(B) razlikuje se drukčijom orijentacijom fenilnog prstena. Ustanovljeni su strukturni temelji ulogama Lys257 i Tyr71 kao ključnih ostataka pri prijenosu protona u mehanizmu enzimske reakcije. Vodikove veze između fenolne skupine supstrata vezanog za PLP i bočnih ogranaka Thr124 i Arg381 postoje samo u aktivnom mjestu “ zatvorene” konformacije. Prijelaz aktivnog mjesta iz “ otvorenog” u “ zatvoreni” oblik tijekom enzimske reakcije mogao bi biti važan za katalitičku učinkovitost enzima.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Kemija
