Naslov
Potraga za alosterijom kod proteina upotrebom napredne vizualizacije
(In search of allostery in protein using advanced visualization)

Autori
Štefanić, Zoran ; Gomaz, Boris

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Srce DEI 2023 Knjiga sažetaka / - , 2023

Skup
Dani e-infrastrukture – Srce DEI 2023

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 28.03.2023. - 30.03.2023

Vrsta sudjelovanja
Poster

Vrsta recenzije
Domaća recenzija

Ključne riječi
Oligomerni proteini ; purinske nukleozidne fosforilaze
(Oligomeric proteins ; purine nucleoside phosphorylases)

Sažetak
Alosterijom nazivamo pojavu da pojedini dijelovi enzima (ili proteina općenito) međusobno komuniciraju na daljinu. Na taj način omogućena je npr. regulacija aktivnosti enzima u njegovu aktivnom mjestu vezanjem molekula na udaljenim mjestima. Iako je fenomen alosterije fundamentalan i gotovo sveprisutan kod enzima, mehanizam njegova ostvarivanja često je još uvijek nedovoljno poznat. U sklopu projekta ALOKOMP (https://alokomp.irb.hr/) alosterija se kod jedne klase oligomernih enzima (purinske nukleozidne fosforilaze, PNP) proučava sinergijom nekoliko metoda: strukturnom karakterizacijom metodama makromolekularne kristalografije (XC), molekulsko dinamičkim simulacijama gibanja proteina (MD) te primjenom naprednih računalnih metoda strojnog učenja za ekstrakciju informacija iz goleme količine podataka koje su generirane u XC-u i MD-u. Ti podaci povezani su u golemu relacijsku bazu podataka. Metodama MD-a generiraju se ogromne količine podataka koje nije lako vizualizirati i tako u njima pronaći moguće alosteričke puteve komunikacije. Jedan od pristupa koji je razvijen u sklopu projekta je prikaz vremenske ovisnosti gibanja proteina u vidu preglednih vremenski promjenljivih panel-dijagrama ovisnosti pojedinih torzijskih kutova (tzv. Avokado-dijagrama). Na njih se onda mogu primijeniti metode analize vremenskih sljedova (change point detection) te na taj način detekcijom vremenski koreliranih promjena otkriti moguće putove kojima se prenosi alostrički signal.

Izvorni jezik
Hrvatski

POVEZANOST RADA