Naslov
Analiza transkriptoma tkiva štitnjače u oboljelih od Hashimotove bolesti sekvenciranjem sljedeće generacije
(Transcriptomic analysis of the thyroid tissue in Hashimoto’s disease using next-generation sequencing)

Autori
Čikotić, Marija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Medicinski fakultet Osijek

Mjesto
Osijek

Datum
28.09

Godina
2022

Stranica
50

Mentor
Štefanić, Mario

Ključne riječi
sekvenciranje jednostanične RNK ; štitnjača ; atlas ; bioinformatika ; Hashimotov tiroiditis
(Single-Cell RNA-Seq ; Thyroid Gland ; Atlas ; Bioinformatics ; Hashimoto Thyroiditis)

Sažetak
CILJ: Hashimotov tireoiditis (HT) čest je uzrok primarne hipotireoze. Doprinos različitih staničnih populacija i molekularnih mehanizama slabo je poznat, ali sljedeća generacija tehnologija pruža priliku da se to promijeni. METODE: U tu smo svrhu secirali transkripcijsku raznolikost HT-a analizom zbirnih RNA-Seq knjižnica tkiva štitnjače iz v8 izdanja Genotype-Tissue Expression projekta. Sveukupno, 31 cjelogenomski profil oboljelog tkiva s elementima HT uspoređen je sa 103 kontrolna uzorka nakon prilagodbe za kovarijate. Provedena je analiza razlikovnog izražaja gena (limma paket), nakon čega je uslijedilo profiliranje obogaćenih bioloških puteva (Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI: Sveukupno, pronašli 2809 pojačano izraženih gena i 2348 smanjeno izraženih gena (|omjer izražaja| > 1, 5 i Benjamini-Hochberg P < 0, 05). HT je obilježen putovima povezanim s T i B staničnom signalizacijom, obradom antigena, interakcijama citokin-citokin receptora, apoptotskim i nekroptotskim potpisima gena. Nasuprot tome, konverzija u HT popraćena je smanjenim izražajem genskih skupova povezanih sa staničnim spojnicama, epitelnim i anaboličkim procesima, zdravljem mitohondrija i Hippo signaliziranjem. Također, nalazimo znakove endotelnog i stromalnog remodeliranja u HT-u. ZAKLJUČAK: Identificirali smo širok raspon transkripcijskih promjena, pružajući tako sveobuhvatan atlas potencijalno promijenjenih bioloških putova u HT. Za korištenje tih podataka potrebna je daljnja provjera valjanosti.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija, Temeljne medicinske znanosti

POVEZANOST RADA