Pregled bibliografske jedinice broj: 1223277
Detekcija i djelomična molekularna karakterizacija H-virusa vinove loze iz autohtonih sorata vinove loze
Detekcija i djelomična molekularna karakterizacija H-virusa vinove loze iz autohtonih sorata vinove loze, 2021., diplomski rad, diplomski, Agronomski fakultet, Zagreb
CROSBI ID: 1223277 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Detekcija i djelomična molekularna karakterizacija
H-virusa vinove loze iz autohtonih sorata vinove
loze
(Detection and Partial Molecular Characterization
of Grapevine Virus H from Autochthonous Grapevine
Varieties)
Autori
Nikolić, Kristina
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski
Fakultet
Agronomski fakultet
Mjesto
Zagreb
Datum
27.09
Godina
2021
Stranica
41
Mentor
Vončina, Darko
Neposredni voditelj
Jagunić, Martin
Ključne riječi
vinova loza, H-virus vinove loze, GVH, PCR, sekvenciranje
(grapevine, grapevine virus H, GVH, PCR, sequencing)
Sažetak
Vinova loza (Vitis vinifera L.) poznata je kao kultura s najvećim brojem poznatih viroza, a samo manji broj virusa ima ekonomsku važnost te se oni povezuju s najvažnijim skupinama bolesti vinove loze, a jedna od njih je i naboranost drveta vinove loze. Kompleks naboranosti drveta vinove loze povezan je s vrstama roda Vitivirus u koje se ubraja i H-virus vinove loze (grapevine virus H, GVH). Istraživanje u kojem je testirano 113 trsova vinove loze, provedeno je na autohtonim sortama iz kolekcijskog nasada smještenog na vinogradarsko- vinarskom pokušalištu Jazbina. Detekcija virusa provedena je uporabom PCR metode u stvarnom vremenu te je potvrđena konvencionalnom RT-PCR metodom čiji su produkti vizualizirani nakon provedbe horizontalne gel elektroforeze. U ovom radu eksperimentalno je po prvi puta u Hrvatskoj dokazana prisutnost GVH u postotku zaraze od ~8% na sortama Gustopupica, Malvazija istarska, Muškatel, Babica plosnata, Brajdica bijela, Plavčina, Bljuzgavac, Svrdlovina crna i Kozak. Izolati su sekvencirani u oba smjera i to u dva područja genoma (RNA ovisna RNA polimeraza (RdRp) i protein omotača (CP)) te je njihova međusobna usporedba, kao i usporedba sa stranim izolatima, pokazala razlikovanja na nukleotidnoj i aminokiselinskoj razini. Unutar sekvenci hrvatskih izolata RdRp područja pronađena je sličnost između 95.5 do 99.15% na nukleotidnoj te 95.76 do 100% na aminokiselinskoj razini, dok je unutar CP područja sličnost varirala od 97.47 do 99.43% na nt i od 98.3 do 100% na ak razini. Filogenetskom analizom utvrđeno je grupiranje izolata prema geografskom podrijetlu samo kod sekvenci RdRp područja genoma.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Poljoprivreda (agronomija), Interdisciplinarne biotehničke znanosti
POVEZANOST RADA
Projekti:
IP-2018-01-1305 - Ekologija i karakterizacija dva nova virusa vinove loze (ENVISaGE) (Voncina, Darko, HRZZ - 2018-01) ( CroRIS)
EK-EFRR-KK.01.1.1.04.0031 - Novi početak za stare hrvatske sorte vinove loze (CroVitiRestart) (Preiner, Darko; Ašperger, Danijela; Kovačević-Ganić, Karin, EK - KK.01.1.1.04) ( CroRIS)