Naslov
CITOGENOMSKA ANALIZA MINISATELITNE PONAVLJAJUĆE SEKVENCE Sat97 U RODU ALLIUM, SEKCIJE CEPA
(CYTOGENOMIC ANALYSIS OF A Sat97 MINISATELLITE REPEAT SEQUENCE IN THE GENUS ALLIUM, SECTION CEPA)

Autori
Tina Budimir

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Split

Datum
28.09

Godina
2022

Stranica
65

Mentor
Šamanić, Ivica

Ključne riječi
rod Allium, sekcija Cepa, FISH, uzastopno ponavljajuće sekvence, minisatelit AceSat97, fluorescentno obilježeni oligonukleotidi
(Allium species of the section Cepa, FISH, tandem repeat sequences, AceSat97 minisatellite, pre-labeled oligomer probes)

Sažetak
Rekonstrukcija podrijetla i evolucije poliploidnih genoma od divljih srodnika vrlo je značajna u citogenetičkim istraživanjima. Satelitske sekvence DNA koje tvore dugačke nizove uzastopno ponavljajućih jedinica prisutne su u svim biljnim genomima, ali mogu varirati u nizu značajki, uključujući sastav nukleotida, brojnost i distribuciju u genomima. Stoga, satelitske DNA brzo divergiraju i često su specifične za vrstu ili rod. Rekonstrukcija jednog tipa satelitne porodice na temelju rezultata sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) u kombinaciji s bioinformatičkom platformom Repeat Explorer i algoritmom TAREAN, pridonijela je našem boljem razumijevanju složenog porijekla alotriploidnog luka Allium × cornutum. Primjena fluorescencijske hibridizacije in situ (FISH) pomoću fluorescentno obilježenih oligonukleotidnih sondi omogućuje odgovore na pitanja vezana uz strukturu, mutacije i evoluciju ne samo pojedinačnih kromosoma već i cijelih genoma. U ovom radu, koristeći podatke NGS sekvenciranja identificirali smo ponavljajuću satelitnu sekvencu veličine 97 bp (AceSat97) i mapirali njenu distribuciju na kromosomima alotriploidnog luka A. × cornutum i tri pretpostavljene roditeljske diploidne vrste Allium cepa, A. pskemense i A. roylei.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija

POVEZANOST RADA