Pregled bibliografske jedinice broj: 1142472
Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja
Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja, 2021., diplomski rad, preddiplomski, Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
CROSBI ID: 1142472 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca
Naslov
Brzo poravnanje visoko pouzdanih dugačkih očitanja
(Rapid alignment of high-fidelity seqeuncing data)
Autori
Staver, Mauro
Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski
Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva
Mjesto
Zagreb
Datum
02.07
Godina
2021
Stranica
25
Mentor
Šikić, Mile
Ključne riječi
Mapiranje, Poravnanje, Hifi očitanja, PacBio, hifimap, minimap2
(Mapping, Alignment, HiFi reads, PacBio, hifimap, minimap2)
Sažetak
Poravnanje DNA očitanja na referentni genom jedan je od čestih problema u bioinformatici i može biti vrlo težak jer genomi mogu biti vrlo veliki. High Fidelity očitanja imaju zapanjujuću točnost iznad 99% i usku distribuciju duljina sa maksimalnom srednjom vrijednost od oko 25kbp. U ovom radu predstavljamo novi algoritam poravnanja optimiziran za HiFi očitanja, hifimap. Započinjemo sa postavljanjem teoretske podloge algoritma hifimap, zatim razmatramo razne algoritamske detalje i na kraju prezentiramo našu implementaciju. Rezultati su pokazali da hifimap ostvaruje dobre rezultate za male i velike referentne genome, a često i nadmašuje minimap2 koji je smatran industrijskim standardom.
Izvorni jezik
Hrvatski
Znanstvena područja
Računarstvo
POVEZANOST RADA
Projekti:
HRZZ-IP-2018-01-5886 - De novo sastavljanje genoma i metagenoma (SIGMA) (Šikić, Mile, HRZZ ) ( CroRIS)
Ustanove:
Fakultet elektrotehnike i računarstva, Zagreb
Profili:
Mile Šikić
(mentor)
