Naslov
Struktura podataka za efikasno spremanje očitanja dobivenih sekvenciranjem genoma
(Data Structure for Efficient Storage of Genome Sequencing Data)

Autori
Klabučar, Ivan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
02.07

Godina
2021

Stranica
39

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
bioinformatika, ocjena kvalitete, kompresija, sažimanje, FASTQ format
(bioinformatics, Phred quality scores, compression, FASTQ forma)

Sažetak
Zbog golemih duljina genoma, njihova bilo kakva bioinformatička obrada vrlo je memorijski zahtjevna. Općenito, efikasna pohrana ocjena kvaliteta (engl. Phred quality scores) u radnu memoriju predstavlja veći izazov od pohrane samih sljedova pa se prirodno nameće pitanje njihove kompresije. U ovom radu predstavljamo algoritam kompresije ocjena kvaliteta genetskih sljedova koji smanjuje memoriju potrebnu za njihovu pohranu gotovo pa četiri puta. To postiže sažimanjem svake ocjene kvalitete s dva bita umjesto osam te računanjem povoljnog preslikavanja dvobitnih kôdova natrag u ocjene kvalitete. Također u radu ispitujemo količinu informacije koju kompresija gubi nad stvarnim i simuliranim podatcima te utjecaj njene primjene na točnost alata Racon

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA