Naslov
Dokaz i tipizacija uzročnika virusne etiologije u probavnom traktu purana primjenom metode sekvenciranja čitavog genoma
(Detection and typing of viral pathogens in the turkey poult digestive tract using the whole genome sequencing method)

Autori
Klarić, Lucija

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Veterinarski fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
08.07

Godina
2021

Stranica
27

Mentor
Gottstein, Željko

Ključne riječi
puran, probavni trakt, virom, metagenom, astrovirus, rotavirus
(turkey poults, digestive tract, virome, metagenome, astrovirus, rotavirus)

Sažetak
Tov purana je jedan od najosjetljivijih oblika peradarske proizvodnje. Problemi od strane probavnog sustava su jedni od najčešćih te se javljaju od samih početaka proizvodnje. Najčešći uzročnici su oni virusne etiologije, često u vidu kompleksa, poput PEMS – a, koji mogu uzrokovati značajne gubitke samostalno ili kao posljedica sekundarnih bakterijskih i parazitarnih infekcija. Uzročnici kao što su astrovirusi, rotavirusi, reovirusi, adenovirusi i drugi, su jedni od najčešće izdvojenih patogena iz probavnog sustava. Problem predstavlja vertikalni prijenos, horizontalno širenje te loši higijenski uvjeti koji se teško suzbijaju i preveniraju biosigurnosnim mjerama, koje su često jedini način borbe protiv ranije spomenutih uzročnika. U ovom istraživanju su na pretragu dostavljeni purići porijeklom od 7 različitih jata i različitih dobavljača, dobi 3 do 54 dana. Nakon žrtvovanja, uzeti su skupni uzorci tkiva tankog crijeva od pet jedinki koji su do daljnje analize čuvani na -80˚C. Nakon homogenizacije i centrifugiranja tkiva filtriran je supernatant koji je tretiran nukleazama, a iz pročišćenih viriona su izdvojene nukleinske kiseline iz kojih je uklonjena ribomosomska RNA. Uzorci su pročišćeni i korišteni za sintezu komplementarne cDNA koja je sekvencirana uređajem MiSeq (Ilumina). Pomoću dva tipa programa na Geneious platformi su sirove sekvence spojene u kontigove te su nakon toga sekvencirani virusi klasificirani do stupnja porodice, nakon čega je provedeno sravnjivanje i filogenetska analiza. U uzorcima je dokazana prisutnost samo astrovirusa u 3 od 7 jata dok je rotavirus dokazan samo u jednom jatu. Longitudinalnim monitoringom pozitivnog jata dokazano je prisustvo astrovirusa u dobi do 14 dana i odstustvo nakon dobi 30 dana. Dokazani virusi pokazuju najveću sličnost sa virusom podrijetlom iz Poljske. Rezultati su pokazali na ranu visoku prevalenciju astrovirusa i relativno nisku prevalenciju rotavirusa, čime ukazuju na potrebu poboljšanja higijenskih uvjeta i biosigurnosnih mjera na farmi, kao i mogućeg poboljšanja imunoprofilakse na roditeljskim farmama čime bi se smanjio vertikalni pritisak na proizvodna tovna jata.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Veterinarska medicina, Biotehnologija u biomedicini (prirodno područje, biomedicina i zdravstvo, biotehničko područje)

POVEZANOST RADA