Naslov
Parametrizacija malih molekula u CHARMM polju sile
(Parametrization of small molecules in the CHARMM force field)

Autori
Goić, Renzo

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Split

Datum
31.10

Godina
2019

Stranica
40

Mentor
Sanader Maršić , Željka

Ključne riječi
polje sila ; CHARMM ; ffTK ; CGenFF
(force fields ; CHARMM ; ffTK ; CGenFF)

Sažetak
Simulacije molekularne dinamike su jedna od najznačajnih biofizikalnih metoda za istraživanje bioloških sustava na atomskoj razini. Uz zadane početne strukture molekula, za opis sustava, važno je definirati parametre polja sile. Polje sila CHARMM General Force Field (CgenFF) sadrži parametre za opis međudjelovanja malih molekula. Razvoj CHARMM General Force Fielda pridonio je razvitku parametrizacijskog alata Force Field Toolkit (ffTK) koji je dio programskog paketa za vizualizaciju podataka iz simulacija molekularne dinamike Visual Molecular Dynamics (VMD). Force Field Toolkit, s njegovim grafičkim korisničkim sučeljem koje prati jasno određen parametrizacijski tijek rada, olakšava i ubrzava ab initio razvoj parametara. U ovom radu izložena je teoretska osnova Force Field Toolkit parametrizacijskog alata i pokazana je njegova primjena na dvije male molekule 1-propanol i metoksibenzen (anisol).

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Fizika

POVEZANOST RADA