Naslov
Mapiranje dugačkih očitanja
(Long Reads Mapping)

Autori
Pongračić, Kristijan

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
38

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
bioinformatika, mapiranje, dugačka očitanja, Minimap2
(bioinformatics, mapping, long reads, Minimap2)

Sažetak
Mapiranje dugačkih očitanja jest problem pronalaska dijela reference na koje bi se konkretno očitanje moglo najbolje poravnati. U ovom radu opisana je implementacija programa koji mapira dugačka očitanja. Program je napisan u programskom jeziku C++. Koristi se pristup u kojem se ne gleda cijelo očitanje, već samo krajevi duljine K. Referenca se podijeli na regije duljine 2K s preklapanjem od K te se indeksira. Indeksiranjem krajeva očitanja te usporedbom s indeksima na referenci mogu se brzo filtrirati kandidatne pozicije. Rezultati su uspoređeni s Minimap2 metodom. Izvorni kôd dostupan je na https://github.com/lbcb-edu/BSc- thesis-18- 19/tree/kpongracic.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA