Naslov
Mapiranje kratkih očitanja
(Short Reads Mapping)

Autori
Pavlić, Stanislav

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
34

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
bioinformatika, kratka ocitanja, mapiranje, predstavnik, poravnanje, ˇ KSW2
(bioinformatics, short reads, mapping, minimizer, alignment, KSW2)

Sažetak
Kratka ocitanja se ve ˇ cinom koriste u slu ´ caju kada imamo ve ˇ c poznati, referentni ´ genom neke vrste ili referencu, i želimo utvrditi razlike izmedu reference i pojedine ¯ jedinke koju sekvenciramo. U ovom radu razvijena je metoda mapiranja kratkih ocitanja ˇ na referencu koja je podijeljena na dvije faze. Prva faza sastoji se od indeksiranja kratkih podnizova na referenci i pronalaska kandidatnih pozicija pomocu zajedni ´ ckih podnizova ˇ na referenci i ocitanjima te algoritma za traženje najdulje zajedni ˇ cke podsekvence. U ˇ drugoj fazi koristi se KSW2 algoritam za odredivanje optimalnog poravnanja dva ¯ niza. Provedeno je ispitivanje rješenja na stvarnim podatcima koje je pokazalo da bi se uz odredena poboljšanja metoda mogla mjeriti s trenutno korištenim metodama. ¯ Implementacija je napisana u jeziku C/C++, a izvorni kod dostupan je na https: //github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18- 19/tree/spavlic.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA