Naslov
Izgradnja biblioteke za poravnavanje parova dugačkih RNA o čitanja
(A Programming Library for Mapping Long RNA Reads)

Autori
Penić, Rafael Josip

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
27

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Marić, Josip

Ključne riječi
bioinformatika, RNA, RNK, vektorizacija, C++, poravnavanje, AVX2, SSE, Gotoh
(bioinformatics, RNA, vectorization, C++, alignment, AVX2, SSE, Gotoh)

Sažetak
Jedan od glavnih problema kojima se bavi bioinformatika je poravnavanje bioloških sljedova. Ponekad je, kao kod poravnavanja RNA ocitanja, potrebno prepoznati duge procijepe brisanja što klasični algoritmi poravnavanja nisu u stanju učiniti. Kako bi se osiguralo da se takvi procijepi prepoznaju za kažnjavanje brisanja koristi se konkavna funkcija. Kako je izracunavanje konkavne funkcije relativno skup proces, ona se aproksimira s više afinih funkcija. Najpoznatiji algoritam koja otkriva procijepe je Gotohov algoritam. Vektorizacija je tehnologija koju podržava većina modernih procesora i omogućava da se na nekom većem skupu podataka neke operacije kao što je zbrajanje izvode istovremeno. Upravo zbog toga, vektorizacija može uvelike ubrzati postupak poravnavanja nizova. U sklopu ovog završnog rada razvijen je alat OSALG koji nudi implementaciju Gotohovog algoritma te vektorizacijsko poravnavanje nizova s prepoznavanjem dugačkih procijepa.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA