Naslov
Using Reference Database for Plasmid Prediction

Autori
Deur, Sanja

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
02.07

Godina
2019

Stranica
42

Mentor
Šikić, Mile

Ključne riječi
bacterium, plasmid, chromosome, classification, cross-validation

Sažetak
Glavna zadaća ovoga rada jest analiza algoritma zaduženog za predviđanje plazmida na temelju referentne baze za kratka očitanja, temeljenog na BLAST-u, te razvoj novog algoritma temeljenog na algoritmu minimap2. Unatoč tome što ima kraće vrijeme izvođenja, algoritam razvijen u ovom radu pokazuje slabije rezultate klasifikacije, nego postojeći BLAST algoritam, stoga su potrebna buduća poboljšanja. Klasifikacija se provodi i na poznatim i na nepoznatim plazmidima i kromosomima, koji su podijeljeni na podnizove duljine k. Nadalje, unakrsna validacija provodi se za tri najučestalije i medicinski najbitnije vrste bakterija u bazi, sljedećih naziva: Escherichia Coli, Klebsiella Pneumoniae i Salmonella enterica. Izvorni kod dostupan je na: https://github.com/lbcb-edu/BSc-thesis-18- 19/tree/sdeur.

Izvorni jezik
Engleski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA