Naslov
Vizualizacija strukture proteina
(Protein Structure Visualization)

Autori
Sente, Toni

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
09.07

Godina
2019

Stranica
38

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
rotein ; vizualizacija ; struktura proteina ; PDB ; krivulje ; Catmull-Rom ; modeliranje ; makromolekule ; okosnica proteina ; α-zavojnice ; β-lanci ; DirectX
(protein ; visualization ; protein structure ; PDB ; curves ; Catmull-Rom ; modeling ; macromolecules ; protein wireframe ; α-helix ; β-sheets ; DirectX)

Sažetak
Proteini su sastavni dio svake stanice, a sastoje se od jednog ili više lanaca aminokiselina. Prilikom njihovog proučavanja, možemo govoriti o četiri razine struktura: primarnoj, sekundarnoj, tercijarnoj te kvartarnoj. Niz aminokiselina kao takav, bez proučavanja međusobne interakcije unutar proteina, čini primarnu strukturu. Sekundarnu strukturu proteina čine nekoliko različitih tvorevina koje nastaju na jednom lancu od kojih su najvažnije α-zavojnice i β-lanci. Tercijarna struktura opisuje funkciju jednog lanca uz prisustvo sekundarnih struktura, dok proteini koji imaju više od jednog lanca imaju i kvartarnu strukturu koja proučava međusobni utjecaj tih lanaca. U sklopu ovog rada razvijen je alat ProteinVisualizer čija je svrha generiranje i prikazivanje strukture proteina. Program pri pokretanju izvlači podatke o proteinu koji su zapisani u ulaznoj PDB datoteci. Za osnovu modela, kreira se krivulju koja prolazi kroz središnji atom ugljika (Cα) svake aminokiseline. Korištenjem te krivulje, te uz pomoć linearne algebre, generira se cijev, koja predstavlja okosnicu proteina, i vrpce, kojima se najčešće predstavljaju α-zavojnice i β-lanci. Konačno, spajanjem svih tih generiranih struktura, dobije se kompletan model proteina. Rezultati koje alat generira usporedivi su s rezultatima drugih popularnih alata za vizualizaciju, što u konačnici potvrđuje ispravnost ovog postupka.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA