Naslov
Memorijski učinkovita pohrana genotipova
(Memory-efficient genotype storage)

Autori
Šandrk, Marko

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
39

Mentor
Domazet-Lošo, Mirjana

Ključne riječi
kompresija genotipova, variant call format, GenoType Compressor, GTC algoritam, SNP
(genotype compression, GenoType Compressor, GTC algorithm, variant call format, SNP)

Sažetak
Razvojem novih i poboljšanih metoda sekvenciranja, te opadanjem cijene sekvenciranja, dolazi se do sve većih skupova genomskih podataka i to sve većom brzinom. Sukladno tome, javlja se problematika memorijski učinkovitog skladištenja takvih podataka. Razvijene su razne metode za sažeti prikaz genotipova, od posebnih formata zapisa do algoritama za sažimanje. Ipak, nijedna od dosadašnjih tehnika nije se pokazala dugoročno poželjnom. GenoType Compressor (GTC) novi je algoritam specijaliziran za sažimanje podataka o genotipovima zapisanim u „variant call formatu” (VCF). Prva istraživanja pokazuju njegovu premoć u stupnju kompresije, ali i u vremenu pristupa sažetim podacima nad sličnim algoritmima. U ovom radu implementirana je osnovna verzija algoritma GTC te su analizirane performanse algoritma s obzirom na različite ulazne skupove i parametre. Također, usporedio sam implementaciju ostvarenu u okviru ovog rada s originalnom implementacijom GTC-a.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA