Naslov
De novo sastavljanje genoma vođeno referencom
(Reference-Guided de novo Genome Assembly)

Autori
Bakić, Sara

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
36

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
kimerno, ponavljajuće regije, genom, minimap2, ra, FASTA, FASTQ, PAF, bioinformatika.
(chimers, repeats, genome, minimap2, Ra, FASTA, FASTQ, PAF, Bioinformatics)

Sažetak
De novo sastavljanje genoma jedan je od najkompleksijih problema u bioinformatici. Brojni su problemi prilikom sastavljanja genoma, uzrokovani, kako biološkim specifičnostima, tako i greškama u procesu sekvenciranja. Probleme stvaraju takozvana ponavljajuća i kimerna očitanja. U ovom radu prikazano je kako detektiranje kimernih i ponavljajućih očitanja uz prikladna postupanja s njima pomaže ispravnom sastavljanju genoma. Prikazane su poteškoće na koje se nailazi prilikom sastavljanja genoma te kako uz postojeće alate minimap2 i Ra i ispravnu detekciju kimernih i ponavljajućih očitanja što bolje sastaviti genom te rezultati testiranja sastavljenosti genoma. Osim toga, pojašnjeni su i formati korištenih podataka te temeljne značajke korištenih alata.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA