Naslov
Gornja granica u sastavljanju genoma
(Upper bound in genome assembly)

Autori
Požega, Luka

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, preddiplomski

Fakultet
Fakultet elektrotehnike i računarstva

Mjesto
Zagreb

Datum
03.07

Godina
2019

Stranica
22

Mentor
Šikić, Mile

Neposredni voditelj
Vaser, Robert

Ključne riječi
gornja granica, sastavljanje genoma, graf
(upper bound, genome assembly, graph)

Sažetak
U ovom radu je opisan alat za raˇcunanje gornje granice u sastavljanju genoma. U potpunosti je napisan u jeziku C++ i testiran na nekoliko skupova podataka. Alat ispisuje postotak pokrivenosti genoma ovisno o ulaznim podacima dobivenih sekvenciranjem. Takod¯er se kreira i datoteka u GFA format koja služi za sastavljanje grafa. U radu je korišteno nekoliko algoritama poput sweep line algoritma, pretraživanja u dubinu i Needleman–Wunsch algoritma. Testiran je na dva skupa podataka: genomu bakterije Escherichie coli i kvascu Saccharomyces cerevisiae. Glavnu primjenu ´ce na´ci u evaluiranju kvalitete podatak dobivenih sekvenciranjem, kao i kod evaluiranja drugih alata za sastavljanje genoma.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Računarstvo

POVEZANOST RADA