hrvatski

Asocijacijska studija kardiometaboličkih tragova na razini cijelog epigenoma u populaciji jadranskih otoka

CILJ: Cjelogenomske asocijacijske studije (GWAS) dosada su identificirale stotine učestalih varijanti gena povezanih s kompleksnim tragovima, međutim te varijante mogu objasniti samo manji dio fenotipske raznolikosti. U posljednje vrijeme sve više pažnje usmjereno je na ulogu epigenetičke varijabilnosti u etiologiji kompleksnih bolesti. Otkrivanje temeljnih genetičkih i epigenetičkih čimbenika koji pridonose povećanom riziku razvoja kardiometaboličkih poremećaja može značajno pridonijeti razvoju novih strategija prevencije i terapije navedenih poremećaja. U ovom istraživanju proveli smo iscrpnu asocijacijsku studiju na razini cijelog epigenoma (EWAS) koristeći longitudinalne uzorke sakupljene u razmaku od 10 godina i integrirali ih s prethodno provedenom GWAS studijom metaboličkih tragova populacije istočnojadranskih otoka Hrvatske. Glavni cilj rada je utvrditi epigenetičke čimbenike koji stoje u podlozi nastanka kardiometaboličkih poremećaja u navedenoj populaciji. METODE: Postavili smo sljedeće hipoteze: (1) stabilne epigenetičke oznake definiraju razvojnu putanju kardiometaboličkih tragova ; (2) dinamične oznake koje se mijenjaju tijekom života ovisno o unutarnjim biološkim procesima i egzogenim stresorima pridonose razvoju kardiometaboličkih poremećaja kasnije u životu ; i (3) te epigenetičke oznake u interakciji sa genetičkom raznolikošću utječu na varijabilnost fenotipa. Za testiranje hipoteza iskoristili smo postojeću bazu od >1, 400 uzoraka koja sadrži fenotipske, okolišne, DNA i GWA podatke prikupljenu na otoku Hvaru 2007.-2008. godine te ponovo uzorkovali >700 osoba iz prethodne studije 10 godina kasnije (2017.). Također smo proveli EWAS koristeći novorazvijeni EPIC 850K BeadChip methylation array na uparenim uzorcima u dvije vremenske točke kako bi procijenili metilacijske uzorke i proveli integrativnu cjelogenomsku i cjeloepigenomsku analizu kako bi istražili njihov zajednički utjecaj na varijabilnost tragova pomoću pristupa sistemske biologije. REZULTATI: Nakon provođenja asocijacijske studije kardiometaboličkih tragova na razini cijelog epigenoma te integrativne cjelogenomske i cjeloepigenomske analize otkriven je relativno malen medijan beta-vrijednosti metilacijskih uzoraka tijekom10 godina. ZAKLJUČAK: Preliminarno istraživanje temeljeno na nasumično odabranih 112 parova (N=224) uzoraka pokazuju da je medijan beta-vrijednosti metilacijskih uzoraka tijekom 10 godina relativno malen što sugerira da su pronađene epigenetičke oznake stabilne značajke kardiometaboličkih tragova. Financirano od strane NIH, projekt broj R56HL128493.

GWAS, EWAS, kardiometabolički tragovi, metilacijski uzorak, populacijaska genetika

nije evidentirano