Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 977852

Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM


Čeri, Andrea; Horvat, Ivana; Radić Antolic, Margareta; Pavić, Marina; Zadro, Renata
Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM // Biochemia Medica / Pašalić, Daria (ur.).
Zagreb, 2018. str. S130-S131 (predavanje, domaća recenzija, sažetak, znanstveni)


CROSBI ID: 977852 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM
(Method validation for genotyping of P-selectin gene polymorphisms S290N, V599L and T715P using PCR-HRM)

Autori
Čeri, Andrea ; Horvat, Ivana ; Radić Antolic, Margareta ; Pavić, Marina ; Zadro, Renata

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Sažeci sa skupova, sažetak, znanstveni

Izvornik
Biochemia Medica / Pašalić, Daria - Zagreb, 2018, S130-S131

Skup
9. kongres Hrvatskog društva za medicinsku biokemiju i laboratorijsku medicinu

Mjesto i datum
Zagreb, Hrvatska, 09-12.05.2018

Vrsta sudjelovanja
Predavanje

Vrsta recenzije
Domaća recenzija

Ključne riječi
genotipizacija, analiza krivulje taljenja visoke razlučivosti, validacija metode, P-selektin, polimorfizam jedne baze
(genotyping, high resolution melting analysis, method validation, P‐selectin, single nucleotide polymorphism)

Sažetak
Uvod: P-selektin (PSEL) je adhezijska molekula trombocitne membrane koja ima ključnu ulogu u agregaciji i pokretanju trombocita prema mjestu vaskularne ozljede. Polimorfizmi S290N, V599L i T715P u genu PSEL mogu biti uzrok hiperkoagulabilnosti. Do sada smo za analizu ovih polimorfizama primjenjivali vremenski zahtjevan alel-specifičan PCR (PCR-SSP) u kojem se koristi 150 ng kalupa DNA i elektroforeza umnoženih produkata na agaroznom gelu. Svrha ovog istraživanja bila je validacija nove brže metode za genotipizaciju zasnovane na PCR-u u stvarnom vremenu analizom krivulje taljenja visoke razlučivosti (PCR-HRM) koja zahtijeva svega 10 ng kalupa DNA. Materijali/Ispitanici i metode: DNA je izolirana iz uzoraka krvi ispitanika prikupljenih u sklopu projekta HRZZ IP-2014-09- 2047 metodom isoljavanja. Početna genotipizacija polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu PSEL učinjena je metodom PCR-SSP te je poslužila kao referentna metoda u određivanju analitičke osjetljivosti. Genotipizacija primjenom metode PCR-HRM izvedena je na uređaju LightCycler 480 (Roche, Njemačka) pomoću početnica za polimorfizam T715P iz literature, a za preostale polimorfizme konstruiranih pomoću alata Primer- BLAST. Ponovljivost i međupreciznost određene su za svaki polimorfizam odabirom triju uzoraka različitih genotipova. Za određivanje točnosti, analitičke osjetljivosti i specifičnosti odabrano je za svaki polimorfizam po 20 uzoraka divljeg tipa, 10 uzoraka heterozigota i 10 uzoraka homozigota. Svi rezultati izraženi su kao postotak slaganja uz kriterij prihvatljivosti ≥ 95 %. Rezultati: 100-postotno slaganje rezultata dobiveno je prilikom ispitivanja ponovljivosti, međupreciznosti, točnosti i analitičke specifičnosti za sva tri polimorfizma te za određivanje analitičke osjetljivosti za polimorfizam S290N. Slaganje rezultata za ispitivanje analitičke osjetljivosti za polimorfizme V599L i T715P iznosilo je 90 %, ali je ponovljenom analizom provedenom objema metodama utvrđena pogrešna početna genotipizacija pomoću metode PCR-SSP, odnosno ispravnost genotipizacije metodom PCR- HRM. Zaključak: Validacijom PCR-HRM za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu PSEL utvrđeno je da je metoda precizna, točna i specifična te brža i osjetljivija od PCR-SSP.

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Temeljne medicinske znanosti, Kliničke medicinske znanosti, Farmacija



POVEZANOST RADA


Projekti:
HRZZ-IP-2014-09-2047 - Genski polimorfizmi i ishemijski moždani udar u djece (GENESTROKE) (HRZZ - 2014-09) ( POIROT)

Ustanove:
Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Zagreb,
KBC "Sestre Milosrdnice",
Klinički bolnički centar Zagreb


Citiraj ovu publikaciju:

Čeri, Andrea; Horvat, Ivana; Radić Antolic, Margareta; Pavić, Marina; Zadro, Renata
Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM // Biochemia Medica / Pašalić, Daria (ur.).
Zagreb, 2018. str. S130-S131 (predavanje, domaća recenzija, sažetak, znanstveni)
Čeri, A., Horvat, I., Radić Antolic, M., Pavić, M. & Zadro, R. (2018) Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM. U: Pašalić, D. (ur.)Biochemia Medica.
@article{article, author = {\v{C}eri, Andrea and Horvat, Ivana and Radi\'{c} Antolic, Margareta and Pavi\'{c}, Marina and Zadro, Renata}, editor = {Pa\v{s}ali\'{c}, D.}, year = {2018}, pages = {S130-S131}, keywords = {genotipizacija, analiza krivulje taljenja visoke razlu\v{c}ivosti, validacija metode, P-selektin, polimorfizam jedne baze}, title = {Validacija metode za genotipizaciju polimorfizama S290N, V599L i T715P u genu za P- selektin primjenom metode PCR-HRM}, keyword = {genotipizacija, analiza krivulje taljenja visoke razlu\v{c}ivosti, validacija metode, P-selektin, polimorfizam jedne baze}, publisherplace = {Zagreb, Hrvatska} }
@article{article, author = {\v{C}eri, Andrea and Horvat, Ivana and Radi\'{c} Antolic, Margareta and Pavi\'{c}, Marina and Zadro, Renata}, editor = {Pa\v{s}ali\'{c}, D.}, year = {2018}, pages = {S130-S131}, keywords = {genotyping, high resolution melting analysis, method validation, P‐selectin, single nucleotide polymorphism}, title = {Method validation for genotyping of P-selectin gene polymorphisms S290N, V599L and T715P using PCR-HRM}, keyword = {genotyping, high resolution melting analysis, method validation, P‐selectin, single nucleotide polymorphism}, publisherplace = {Zagreb, Hrvatska} }

Časopis indeksira:


  • Current Contents Connect (CCC)
  • Web of Science Core Collection (WoSCC)
    • Science Citation Index Expanded (SCI-EXP)
    • SCI-EXP, SSCI i/ili A&HCI
  • Scopus
  • MEDLINE





Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font