Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora (CROSBI ID 423837)
Ocjenski rad | diplomski rad
Podaci o odgovornosti
Jelić Matošević, Zoe
Vlahoviček, Kristian ; Ćetković, Helena
hrvatski
Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora
Ogulinska špiljska spužvica, Eunapius subterraneus Sket & Velikonja, 1984 (Porifera, Demospongia), jedina je stigobiontna slatkovodna spužva na svijetu. Spužve (Porifera) su najstarije živuće koljeno životinja. Karakterizira ih jednostavna tjelesna građa te nedostatak pravih tkiva i organa. Zbog filogenetski bazalnog položaja u odnosu na ostale životinje, spužve su idealni modelni organizmi za proučavanje evolucije gena i genoma te razvoja višestaničnosti unutar životinja (Metazoa). Kako bi to bilo moguće potrebno je sekvencirati i sklopiti genome spužvi koje želimo proučavati. Metodom sekvenciranja tehnologijom nanopora u kombinaciji s metodom reverzibilnog zaustavljanja sinteze (Illumina) mogu se sklopiti čak i repetitivni genomi viših eukariota, ali često je potrebno ispraviti sljedove iz nanopora prije samog sklapanja genoma. Dodatan problem u radu sa spužvama predstavlja kontaminacija sekvenciranih knjižnica. U ovom radu izolirala sam visokomolekularnu genomsku DNA Eunapius subterraneus iz primorfa te sam pokazala kako ovaj pristup doprinosi smanjenju kontaminacije u uzorcima. Sljedove iz nanopora ispravila sam koristeći program NaS te sam dokazala njihovu točnost pretragom baze neredundantnih proteinskih sljedova programom DIAMOND. Za iskorištavanje punog potencijala tehnologije sekvenciranja nanoporama u budućnosti potrebno je razvijati algoritme prilagođene specifičnom profilu greške ove tehnologije
Eunapius subterraneus ; tehnologija sekvenciranja nanoporama ; sklapanje genoma
nije evidentirano
engleski
Computer optimization of genomic DNA nanopore sequences from the sponge Eunapius subterraneus
nije evidentirano
Eunapius subterraneus ; , nanopore sequencing ; genome assembly
nije evidentirano
Podaci o izdanju
41
26.09.2018.
obranjeno
Podaci o ustanovi koja je dodijelila akademski stupanj
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Zagreb