Pretražite po imenu i prezimenu autora, mentora, urednika, prevoditelja

Napredna pretraga

Pregled bibliografske jedinice broj: 967691

Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora


Jelić Matošević, Zoe
Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora, 2018., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb


CROSBI ID: 967691 Za ispravke kontaktirajte CROSBI podršku putem web obrasca

Naslov
Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora
(Computer optimization of genomic DNA nanopore sequences from the sponge Eunapius subterraneus)

Autori
Jelić Matošević, Zoe

Vrsta, podvrsta i kategorija rada
Ocjenski radovi, diplomski rad, diplomski

Fakultet
Prirodoslovno-matematički fakultet

Mjesto
Zagreb

Datum
26.09

Godina
2018

Stranica
41

Mentor
Vlahoviček, Kristian ; Ćetković, Helena

Ključne riječi
Eunapius subterraneus ; tehnologija sekvenciranja nanoporama ; sklapanje genoma
(Eunapius subterraneus ; , nanopore sequencing ; genome assembly)

Sažetak
Ogulinska špiljska spužvica, Eunapius subterraneus Sket & Velikonja, 1984 (Porifera, Demospongia), jedina je stigobiontna slatkovodna spužva na svijetu. Spužve (Porifera) su najstarije živuće koljeno životinja. Karakterizira ih jednostavna tjelesna građa te nedostatak pravih tkiva i organa. Zbog filogenetski bazalnog položaja u odnosu na ostale životinje, spužve su idealni modelni organizmi za proučavanje evolucije gena i genoma te razvoja višestaničnosti unutar životinja (Metazoa). Kako bi to bilo moguće potrebno je sekvencirati i sklopiti genome spužvi koje želimo proučavati. Metodom sekvenciranja tehnologijom nanopora u kombinaciji s metodom reverzibilnog zaustavljanja sinteze (Illumina) mogu se sklopiti čak i repetitivni genomi viših eukariota, ali često je potrebno ispraviti sljedove iz nanopora prije samog sklapanja genoma. Dodatan problem u radu sa spužvama predstavlja kontaminacija sekvenciranih knjižnica. U ovom radu izolirala sam visokomolekularnu genomsku DNA Eunapius subterraneus iz primorfa te sam pokazala kako ovaj pristup doprinosi smanjenju kontaminacije u uzorcima. Sljedove iz nanopora ispravila sam koristeći program NaS te sam dokazala njihovu točnost pretragom baze neredundantnih proteinskih sljedova programom DIAMOND. Za iskorištavanje punog potencijala tehnologije sekvenciranja nanoporama u budućnosti potrebno je razvijati algoritme prilagođene specifičnom profilu greške ove tehnologije

Izvorni jezik
Hrvatski

Znanstvena područja
Biologija



POVEZANOST RADA


Projekti:
HRZZ-IP-2014-09-6400 - Istraživanje razvoja, diferencijacije i evolucije životinja kroz genomiku bazalnih metazoa (BAMGEN) (Vlahoviček, Kristian, HRZZ - 2014-09) ( POIROT)

Ustanove:
Institut "Ruđer Bošković", Zagreb,
Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb

Citiraj ovu publikaciju

Jelić Matošević, Zoe
Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora, 2018., diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb
Jelić Matošević, Z. (2018) 'Računalna optimizacija sljedova genomske DNA spužve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora', diplomski rad, diplomski, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb.
@phdthesis{phdthesis, author = {Jeli\'{c} Mato\v{s}evi\'{c}, Z.}, year = {2018}, pages = {41}, keywords = {Eunapius subterraneus, tehnologija sekvenciranja nanoporama, sklapanje genoma}, title = {Ra\v{c}unalna optimizacija sljedova genomske DNA spu\v{z}ve Eunapius subterraneus sekvenciranih tehnologijom nanopora}, keyword = {Eunapius subterraneus, tehnologija sekvenciranja nanoporama, sklapanje genoma}, publisherplace = {Zagreb} }
@phdthesis{phdthesis, author = {Jeli\'{c} Mato\v{s}evi\'{c}, Z.}, year = {2018}, pages = {41}, keywords = {Eunapius subterraneus, , nanopore sequencing, genome assembly}, title = {Computer optimization of genomic DNA nanopore sequences from the sponge Eunapius subterraneus}, keyword = {Eunapius subterraneus, , nanopore sequencing, genome assembly}, publisherplace = {Zagreb} }




Contrast
Increase Font
Decrease Font
Dyslexic Font