hrvatski

Sekvenciranje tehnologijom nanopora i sklapanje genoma ogulinske špiljske spužvice Eunapius subterraneus

Spužve su zbog ranog odvajanja od ostalih skupina dobar model za proučavanje rane evolucije i razvoja životinja, ali do sada je sekvenciran genom samo jedne vrste. Osim iz evolucijskog i razvojnog gledišta, spužve su zanimljive i kao modelni organizmi za proučavanje prilagodbe okolišu. Poseban interes predstavlja vrsta Eunapius subterraneus, endem krškog područja Hrvatske i jedina poznata slatkovodna stigobiontna spužva na svijetu. Sekvenciranje i sklapanje genoma nije jednostavno zbog prisutnosti brojnih mikroorganizama u i na tijelu spužvi. Sekvenciranjem tehnologijom nanopora dobivaju se dugački očitani sljedovi s većom razinom pogreške nego kod tehnologija sekvenciranja druge generacije. U hibridnom sklapanju genoma dugački sljedovi treće generacije se koriste za spajanje i zatvaranje prekida između neprekinutih sljedova dobivenih sklapanjem kratkih i točnih sljedova druge generacije. Sekvencirala sam genom spužve E. subterraneus pomoću uređaja Oxford Nanopore Technologies MinION. Provela sam hibridno sklapanje genoma pomoću sljedova dobivenih sekvenciranjem tehnologijama Illumina i Oxford Nanopore Technologies koristeći programe temeljene na pohlepnom algoritmu i metodi de Bruijnovog grafa. Procijenila sam kvalitetu sklopljenih genoma. Veći broj dugačkih očitanih sljedova korišten u sklapanju rezultira duljim neprekinutim sljedovima. U sklopljenom genomu su prisutne brojne kontaminacije i potrebno je daljnje sekvenciranje kako bi se genom spužve E. subterraneus sklopio u cijelosti.

tehnologije sekvenciranja treće generacije ; hibridno sklapanje genoma ; de Bruijnov graf ; pohlepni algoritam

nije evidentirano